RNA-seq技术原理及应用主要内容一、RNA-seq技术简介二、RNA-seq技术原理二、RNA-seq技术原理为了便于测序数据的发布和共享，高通量测序数据以FASTQ格式来记录所测的碱基读段和质量分数。NCBI、EBI、DDBJ等数据中心建立了大容量的数据库SRA来存放共享的测序数据。大家应该也有点累了，稍作休息三、RNA-seq结果分析1.序列定位算法（1）空位种子索引法：首先将读段切分，并选取其中一段或几段作为种子建立搜索索引，再通过查找索引、延展匹配来实现读段定位，通过轮换种子考虑允许出现错配的各种可能的位置组合（Maq）。（2）Burrows-Wheeler转换技术：通过B-W转换将基因组序列按一定规则压缩并建立索引，再通过查找和回溯来定位读段，在查找时可通过碱基替代来实现允许的错配（Bowtie）。（3）改进的SmithWaterman动态规划算法：随着读长的增加，允许读段序列中存在插入删除(indel)的定位（BFAST、SHRiMP、Mosaik）。2.基因表达水平估计RNA-seq数据最基本的应用是检测基因的表达水平，与基因芯片数据相比，RNA测序得到的是数字化的表达信号，具有灵敏度高、分辨率高、无饱和区等优势。RNA测序数据是对提取出的RNA转录本中随机进行的短片段测序，如果一个转录本的丰度高，则测序后定位到其对应的基因组区域的读段也就多，可以通过对定位到基因外显子区的读段计数来估计基因表达水平。3.选择性剪接事件识别和剪接异构体表达水平推断只要测序深度足够深，就能检测到所有转录本的全部序列，包括来自剪接接合区的序列。Tophat等软件定位剪接接合区读段的策略能标定出剪接事件中的两个剪接位点：供体位点和受体位点。通过比较供体位点和受体位点的组合，就能识别选择性剪接事件。进一步，通过对供体和受体位点的读段计数，结合外显子其他区域的读段数据，还能定量地计算选择性剪接事件之间的比例。三、RNA-seq结果分析四、RNA-seq技术应用四、RNA-seq技术应用总结