聚类分析简单例子二、类间距离与系统聚类法1.最短距离法定义类Gi与Gj之间的距离为两类最近样品的距离，即为(5.11)设Gk类与合并成一个新类记为Gr，则任一类与的距离为(5.12)最短距离法进行聚类分析的步骤如下：（1）定义样品之间距离，计算样品的两两距离，得一距离阵记为D（0），开始每个样品自成一类，显然这时Dij=dij。（2）找出距离最小元素，设为Dpq，则将Gp和Gq合并成一个新类，记为Gr，即Gr=｛Gp，Gq｝。（3）按（5.12）计算新类与其它类的距离。（4）重复（2）、（3）两步，直到所有元素。并成一类为止。如果某一步距离最小的元素不止一个，则对应这些最小元素的类可以同时合并。【例5.1】设有六个样品，每个只测量一个指标，分别是1，2，5，7，9，10，试用最短距离法将它们分类。（1）样品采用绝对值距离，计算样品间的距离阵D（0），见表5.1（2）D（0）中最小的元素是D12＝D56＝1，于是将G1和G2合并成G7，G5和G6合并成G8，并利用（5.12）式计算新类与其它类的距离D（1），见表5.2（3）在D（1）中最小值是D34＝D48＝2，由于G4与G3合并，又与G8合并，因此G3、G4、G8合并成一个新类G9，其与其它类的距离D（2），见表5.3大家有疑问的，可以询问和交流（4）最后将G7和G9合并成G10，这时所有的六个样品聚为一类，其过程终止。上述聚类的可视化过程见图5.1所示，横坐标的刻度表示并类的距离。这里我们应该注意，聚类的个数要以实际情况所定，其详细内容将在后面讨论。再找距离最小两类并类，直至所有的样品全归为一类为止。可以看出最长距离法与最短距离法只有两点不同：一是类与类之间的距离定义不同；另一是计算新类与其它类的距离所用的公式不同。3.中间距离法最短、最长距离定义表示都是极端情况，我们定义类间距离可以既不采用两类之间最近的距离也不采用两类之间最远的距离，而是采用介于两者之间的距离，称为中间距离法。中间距离将类Gp与Gq类合并为类Gr，则任意的类Gk和Gr的距离公式为(1／40)(5.15)设Dkr＞Dkp，如果采用最短距离法，则Dkr=Dkp，如果采用最长距离法，则Dkr=Dkq。如图5.2所示，(5.15)式就是取它们（最长距离与最短距离）的中间一点作为计算Dkr的根据。特别当=1／4，它表示取中间点算距离，公式为(5.16)【例5.2】针对例5.1的数据，试用重心法将它们聚类。（1）样品采用欧氏距离，计算样品间的平方距离阵D2（0），见表5.4所示。（2）D2（0）中最小的元素是D212＝D256＝1，于是将G1和G2合并成G7，G5和G6合并成G8，并利用（5.18）式计算新类与其它类的距离得到距离阵D2（1），见表5.5：其中，其它结果类似可以求得（3）在D2（1）中最小值是D234＝4，那么G3与G4合并一个新类G9，其与与其它类的距离D2（2），见表5.6：（4）在中最小值是＝12.5，那么与合并一个新类，其与与其它类的距离，见表5.7：（5）最后将G7和G10合并成G11，这时所有的六个样品聚为一类，其过程终止。上述重心法聚类的可视化过程见图5.3所示，横坐标的刻度表示并类的距离。6.可变类平均法由于类平均法中没有反映出Gp和Gq之间的距离Dpq的影响，因此将类平均法进一步推广，如果将Gp和Gq合并为新类Gr，类Gk与新并类Gr的距离公式为：（5.22）其中是可变的且<1，称这种系统聚类法为可变类平均法。8.离差平方和法该方法是Ward提出来的，所以又称为Ward法。该方法的基本思想来自于方差分析，如果分类正确，同类样品的离差平方和应当较小，类与类的离差平方和较大。具体做法是先将n个样品各自成一类，然后每次缩小一类，每缩小一类，离差平方和就要增大，选择使方差增加最小的两类合并，直到所有的样品归为一类为止。设将n个样品分成k类G1，G2，…，Gk，用Xit表示Gt中的第I个样品，nt表示Gt中样品的个数，是Gt的重心，则Gt的样品离差平方和为这种系统聚类法称为离差平方和法或Ward方法。下面论证离差平方和法的距离递推（5.26）式。由于三、类间距离的统一性表5.8系统聚类法参数表【例5.3】假定我们对A、B、C、D四个样品分别测量两个变量和得到结果见表5.9。试将以上的样品聚成两类。第一步：按要求取K=2，为了实施均值法聚类，我们将这些样品随意分成两类，比如（A、B）和（C、D），然后计算