查询启动子的更多方法：UCSC（1）网址：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go（2）出现新的页面，看到“KnownGeneNames”下面的PTEN了吧，点它（3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence（4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoterincluding2000basesupstreamand100downstream，即表示启动子-2000～＋100区域（5）点击“getsequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1(promoter2000100)PTEN-phosphataseandtensinhomolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了2、Ensembl（1）网址：http://www.ensembl.org/index.html在“SearchEnsembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homosapiens（人），for框中输入基因名PTEN，点击Go（2）出现的新页面中比较乱，但不要管它，直接寻找“Ensemblproteincodinggene”字样的，对，也就是第二个，点击它（3）新出现的页面也很乱，不过依然不用管它，看到左侧有点肉色（实在不知道怎么描述了）的那些选项了吗，对，就是“YourEnsembl”下面那一堆，在里面找“Genomicsequence”，点它（4）现在的界面就一目了然了，在“5'Flankingsequence”中输入数值确定启动子长度（默认为600），比如1000，点击update；（5）出现的序列中，标为红色的就是基因的外显子，红色之间黑色的序列就是内含子，而第一个红色自然就是第一外显子了，那么从开始的碱基一直到第一个红色的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列啦这样，你不仅查到了启动子，连它的外显子、内含子序列也全部搞定了3、SIB-EPD（1）网址：http://www.epd.isb-sib.ch/（2）具体使用方法大同小异，就是输入物种名、基因名，限定启动子序列区域不过有了前两个，我想已经足够用了，个人感觉SIB-EPD的库容量太小，很多基因查不到总结一下：ensembl一般也和NCBI的一致，你的情况可能例外。这就不清楚了。ensembl有七个外显子可能有它自己的理由。另外，NCBI的基因中gene库中同时有ensembl和genbank的链接，不如从这个链接看看。此外，还可以看一看这个基因在物种间的同源性，以及其它物种有几个外显子，做为参考。综合考虑一下。给你提供几个启动子区域查找的网站，慢慢摸索会学到更多的。HYPERLINK"http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html"\t"_blank"HYPERLINK"http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/"\t"_blank"通常确定启动子的算法可以分成两种,一种根据启动子区各种转录信号,如TATA盒、CCAAT盒,结合对这些保守信号及信号间保守的空间排列顺序的识别进行预测。如PROMOTER2.0,用神经网络方法确定TATA盒、CCAAT盒、加帽位点(capsite)和GC盒(GCbox)的位置和距离,识别含TATA盒的启动子。PROMOTERSCANHYPERLINK"http://thr.cit.nih.gov/molbio/proscan/"\t"_blank"根据转录因子结合部位在基因组中分布的不平衡性,将转录因子结合部位分布密度与TATA盒的权重矩阵(weightmatrix)结合起来,从基因组DNA中识别出启动子区[3]。但上述程序预测的假阳性率较高,PROMOTER210每23kb出现一个假阳性;PRO2MOTERSCAN平均每19kb出现一个假阳性。PromoterInspectorHYPERLINK"http://www.genomatix.de/products/PromoterInspector/PromoterInspector2.html"\t"_blank"另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测。Promo2terInspector从一组训练序列中提取出启动子区的环境特征,并将外显子、内含子和3’端非翻译区的特征与启动子区加以区分,从而在基因组中确定启动子位置初来乍到，发个技术贴了！！1、获取目的基因的mRNA序列，并且在NCBI的数据库中查获转录起始点2、截取转录起始点为中心，上下约各1000bp