2003～2007年中国大陆风疹病毒分子流行病学研究的任务书任务书：一、研究背景和意义风疹病毒属于麻疹病毒科，是导致风疹的主要病原体，引起的急性病变主要表现为皮疹、淋巴结肿大以及发热等，重要的临床后遗症为先天性病变，其病变严重性与期发生时间有关。目前，风疹病毒感染以先天性风疹综合征为最为严重的后果，直接危害了新生儿的生命与健康，因此引起了广泛关注。近年来，世界各国纷纷开始开展针对风疹病毒的防疫工作，建立了相应的疫苗接种计划，但同时也呈现出风疹病例增加的趋势，因此深入了解风疹病毒的流行病学特征对于制订防疫措施至关重要。目前，国内尚缺乏对风疹病毒分子流行病学的详尽研究，因此本次研究将有助于我们深入了解风疹病毒在我国的流行特征和传播规律，为针对性制定防控措施提供有力的依据。二、研究内容及技术路线本次研究的核心内容为对我国2003年至2007年之间风疹病毒序列进行分子流行病学分析，具体包括以下几个方面：1.风疹病毒序列的收集：从国内各地区针对风疹病毒的病例中获取相应的病毒样品，同时还可以从相关文章中获得部分相关数据。2.序列分析：在获得足够的序列数据之后，应用生物信息学工具分析序列的基因型特征以及分布区域等信息。3.流行病学分析：基于序列分析的结果，结合临床数据和疾病流行情况，针对不同区域、年份的风疹病毒进行流行病学分析，挖掘可能的传播渠道和流行规律。4.应用疫苗评价：结合疫苗接种覆盖率以及流行情况，评价我国现有疫苗对于控制风疹的效果和短板，以及接种计划的适应性。技术路线：1.样品采集和处理：从各地2003年至2007年期间针对风疹病毒的病例中采集相应的病毒样品，对样品进行预处理和保存。2.核酸提取和扩增：从样品中提取病毒RNA/DNA，通过PCR技术扩增目标序列。3.测序和序列分析：对PCR扩增后的产物进行测序，利用序列分析工具进行基因型确认和序列分析。4.流行病学分析：统计和分析不同区域、年份风疹病例的流行病学数据和风疹病毒基因型数据，探索传播渠道和规律。三、任务计划1.2018年3月-2019年12月：收集样品和序列数据，对数据进行基本统计和分类工作。2.2019年6月-2020年12月：应用生物信息学工具进行序列分析和基因型分析。3.2020年3月-2021年12月：基于经验分析和序列分析建立流行病学模型，探索不同区域、年份之间的差异。4.2021年3月-2022年12月：针对病例和接种计划进行应用研究，评价疫苗的效果和接种计划的适应性。四、预期成果1.获得中国大陆2003-2007年风疹病毒序列样品1300份，得到1300条完整DNA/RNA序列。（通过深度测序和Sanger测序）2.获得全国环节流行病学数据，和风疹病毒病例的临床病例报告。3.建立中国2003-2007年风疹病毒流行病学模型；并对基于不同基因型对应的基础属性建立相应的危险因素模型；4.提出针对性的防控对策：根据病毒基因型的分布和传播规律，加强疫苗接种覆盖，促进宣传教育；提高早期诊断能力，加强围产医疗和孕妇保健等工作。