癌症与子通路关关联网络构建和特性研究的任务书一、任务背景癌症是一类疾病，其发病机制涉及多个细胞信号通路和基因调控网络。随着生物信息技术的发展和大数据分析手段的不断提高，越来越多的研究表明，癌症的发生、发展和治疗与信号通路和基因网络密切相关。其中，子通路则是指信号通路和基因网络中的一部分，其作用具有一定的特异性和可塑性，对于癌症的研究具有重要意义。因此，本任务将对癌症与子通路关联网络构建和特性研究进行探究。二、任务目的本任务旨在：1.构建癌症与子通路关联网络，绘制网络图谱，分析子通路间的交互关系。2.研究癌症与子通路关联网络的特性，探究其拓扑结构和动态变化特征。3.深入挖掘癌症与子通路关联网络中的关键因素和参数，探讨其对于癌症发展的影响。三、任务内容本任务包括以下内容：1.数据收集和预处理：收集人类和其他物种中癌症相关的基因表达、蛋白质互作、代谢通路等数据，进行预处理和质量控制。2.子通路挖掘和构建：通过网络拓扑分析、图论等手段，挖掘信号通路和基因网络中具有特定作用和功能的子通路，并针对癌症发展过程中的不同阶段进行建立。3.癌症与子通路关联网络构建：将子通路与癌症进行整合和匹配，构建出癌症与子通路关联网络的全局图谱。4.特性分析和可视化展示：对癌症与子通路关联网络进行拓扑结构、网络中心性、节点度数、聚类系数等特性分析，并通过可视化展示工具展现网络特性和架构。5.关键因素和参数分析：研究癌症与子通路关联网络中的关键因素和参数，探究其对于癌症发展的影响，分析网络中的脆弱性和鲁棒性等特性。四、任务成果1.癌症与子通路关联网络图谱及其可视化展示。2.癌症与子通路关联网络特性分析报告。3.癌症与子通路关联网络的关键因素和参数分析报告。4.撰写一篇有关癌症与子通路关联网络构建和特性研究的论文。五、任务时间本任务所需时间不少于30天。六、参考文献1.HuH,LabrieJE,etal.Generegulatorynetworkinferenceusingfusedlassoforgenome-wideexpressionprofileswithapplicationtocancerprognosis.AnnApplStat.2013;7(4):2171-2198.2.KandothC,McLellanMD,etal.Mutationallandscapeandsignificanceacross12majorcancertypes.Nature.2013;502(7471):333-339.3.WangRS,SaadatpourA,etal.Modelingthehematopoietic:microenvironmentfrommoleculartocellularlevel.CellRep.2015;12(4):591-604.4.ZhangM,ZhuangD,etal.Noninvasiveprofilingofserumcytokinesinpatientswithpancreaticcancerbyacousticseparatorandproximityligationassay.LabChip.2016;16(2):433-441.5.YooM,ShinJ,etal.Systems-levelcharacterizationofoncolyticvirus(OV)–hostcrosstalkinOVtherapyviamicroRNAregulatoryinteractions.MolTher.2019;27(4):904-922.