基因组分析拥抱云计算2013-04-28来源：lifeomics作者：YORK/编译9022HYPERLINK"javascript:unlogin();"收藏(0)互联网新业务——测序数据分析：越来越多的生物信息公司开始走向网络，他们为医院提供了大量的基因组分析平台和软件工具。对于美国纽约犹太人罕见遗传病研究中心（CenterforRareJewishGeneticDisordersinNewYork）遗传咨询服务部门的经理ChaimJalas来说，DNA测序实在是一件太简单不过的工作了。现在平均一个人的基因组测序（并非是全基因组测序，只是对其中比较重要的区域进行测序）费用还不到1500美元，但是后面的压力可让人吃不消，因为如果要招募人员、添置设备来对这些测序结果进行分析，找出其中的突变位点，那可是需要一大笔开销的。所以Jalas决定将测序数据分析的部分业务外包出去，而且他只需要将他们中心客户的测序数据上传到网络上的云计算平台（cloudcomputingsoftwareplatform）就可以了。这样他们中心就省掉了一大笔添置计算机和招募数据分析人员的费用，相当于为每名前来就诊的客户省下了100美元。而且Jalas还可以通过这套交互式的云系统与远在以色列的医生同行们及时交流，再也不需要像以前在网上传送数据资料时那样担心网速的问题了。Jalas对这套云系统的评价是，这套系统非常方便，大大地提高了他们的工作效率，而且还帮他们省下了大量的费用和时间。Jalas及其采用的这套工作模式代表了一个全新的、尚未被充分开发的新兴市场，所以现在有一大批遗传数据分析咨询公司瞄准了这个市场，纷纷在网络上行动起来。他们最近（今年的3月19日至23日）刚刚参加了在美国亚利桑那州凤凰城召开的全美医学院遗传学及基因组学研讨会，其目的就是推广他们的网络遗传咨询业务。近两年里，随着测序技术逐渐走出象牙塔，走进我们每个人的身边，一下子冒出了好几十家这样的网络咨询公司。临床医生们也越来越习惯参考患者的基因组测序结果，并且以此来帮助确定诊疗方案，可是医生们却不愿意花钱购买分析设备，也不愿意雇人帮他们进行数据分析。“这是一块潜力巨大的市场。”美国纽约Oppenheimer&Company投资银行的生物技术分析师DavidFerreiro这样认为。Oppenheimer&Company投资银行已经对多家测序技术公司和测序数据分析公司进行了投资。哪里有需求，哪里就有市场，就有钱挣。这些咨询服务公司（其中绝大多数都位于美国硅谷）也正是受到了这个巨大市场的诱惑才投身其中。据美国马萨诸塞州BBC市场研究分析公司（BCCResearchinWellesley,Massachusetts）的估计，这块测序业务的外包市场到2016年时平均每年的市场规模将达到40亿美元。位于美国加利福尼亚州山景镇的DNAnexus公司（DNAnexusinMountainView,California）是一家专门在互联网上提供遗传数据分析云服务的公司，客户可以自己将数据上传到DNAnexus公司的云计算平台里进行分析和运算。DNAnexus公司的CEOAndreasSundquist认为，他们的这块市场潜力无限。另外一些公司也提供了各种各样的其它服务。比如美国马萨诸塞州坎布里奇的SevenBridgesGenomics公司主要瞄准的就是毫无生物信息学背景的那一群人，把他们当作潜在的客户，为他们提供免费的工具，帮助他们设计自己的数据分析流程。美国加利福尼亚州红木市（RedwoodCity,California）的IngenuitySystems公司则可以让用户将个人基因组中的所有突变全都上传到云系统里，然后公司会从中挑选出最有可能致病的突变位点。位于美国加利福尼亚州门罗公园（MenloPark）的Personalis公司则主要为临床医生、制药企业和生物技术公司提供测序服务，以及测序之后的数据解析业务。就在上周，Personalis公司刚刚还和美国退伍军人事务部（USDepartmentofVeteransAffairs）签订了一笔价值153万美元的合同，他们计划对100万名美国退伍军人的样品进行测序分析，找出其中的突变位点，并且探究这些突变与疾病之间的关系。不过Personalis公司计划将测序的业务外包给测序界大名鼎鼎的Illumina公司。测序市场的潜在规模这种测序咨询业务其实可以追溯到10年以前，当时生物信息学家刚刚开始第一波下海开办公司的热潮，可是绝大部分人都“淹死”在海里了，因为发现致病的遗传位点离开发出可以治疗疾病的药物还有很大的一段距离。不过美国加州大学伯克利分校（UniversityofCalifornia,Berkeley）的计算基因组学家Steve