Bowtie介绍1Bowtie和一般的比对工具不一样，他适用于短reads比对到大的基因组上，尽管它也支持小的参考序列像amplicons和长达1024的reads。Bowtie采用基因组索引和reads的数据集作为输入文件并输出比对的列表。Bowtie设计思路是，1）短序列在基因组上至少有一处最适匹配，2）大部分的短序列的质量是比较高，3）短序列在基因组上最适匹配的位置最好只有一处。这些标准基本上和RNA-seq,ChIP-seq以及其它一些正在兴起的测序技术或者再测序技术的要求一致。2Bowtie有两种比对策略：-n（默认使用-n）该参数要求比对时碱基错配数不超过N，这里N的取值范围是0-3，并且这个错配数是指种子序列上允许的碱基错配数。在全部错配位置的phred质量值的和可能会超过参数e。对于没有质量值的fasta文件，质量值默认是40.-v比对不允许超过V个错配，V的取值范围是0-3.此时忽略质量值。Strara在-n比对模式下，stratum是定义种子区域的错配数，结合-l参数使用。在-v比对模式下，stratum定义在所有记录中的错配数，结合-m参数使用。结果参数–k–a–m–M–best–strara3Bowtie使用方法3.1Usage:bowtie[options]*<ebwt>{-1<m1>-2<m2>|--12<r>|<s>}[<hit>]<m1>Comma-separatedlistoffilescontainingupstreammates(orthesequencesthemselves,if-cisset)pairedwithmatesin<m2><m2>Comma-separatedlistoffilescontainingdownstreammates(orthesequencesthemselvesif-cisset)pairedwithmatesin<m1><r>Comma-separatedlistoffilescontainingCrossbow-stylereads.Canbeamixtureofpairedandunpaired.Specify"-"forstdin.<s>Comma-separatedlistoffilescontainingunpairedreads,orthesequencesthemselves,if-cisset.Specify"-"forstdin.<hit>Filetowritehitsto(default:stdout)3.2输入参数：Input:-qqueryinputfilesareFASTQ.fq/.fastq(default)输入fastq文件-fqueryinputfilesare(multi-)FASTA.fa/.mfa输入fasta文件-rqueryinputfilesarerawone-sequence-per-line输入raw文件-cquerysequencesgivenoncmdline(as<mates>,<singles>)-Creadsandindexareincolorspace-Q/--quals<file>QVfile(s)correspondingtoCSFASTAinputs;usewith-f-C--Q1/--Q2<file>sameas-Q,butformatefiles1and2respectively-s/--skip<int>skipthefirst<int>reads/pairsintheinput-u/--qupto<int>stopafterfirst<int>reads/pairs(excl.skippedreads)-5/--trim5<int>trim<int>basesfrom5'(left)endofreads-3/--trim3<int>trim<int>basesfrom3'(right)endofreads--phred33-qualsinputqualsarePhred+33(default)默认质量值--phred64-qualsinputqualsarePhred+64(sameas--solexa1.3-quals)--solexa-qualsinputqualsarefromGAPipelinever.<1.3--solexa1.3-qualsinputqualsarefromGAPipelinever.>=1.3--integer-qualsqualitiesaregivenasspace-separatedintegers(notASCII)Tophat调用bowtie使用