第1话：云霄飞车杀人事件（组织出场）第11话：钢琴奏鸣曲月光杀人事件（特别篇）第43话：江户川柯南诱拐事件（父母登场）第48、49话：外交官杀人事件（平次出场，新一第一次恢复）第52话：雾天狗传说杀人事件（特别篇）第54话：电玩公司杀人事件（组织）第57、58话：福尔摩斯杀人事件（平次知道柯南身份）第76话：柯南对怪盗基德（特别篇）第96话：走头无路的名侦探（特别篇）第118话：浪花连续杀人事件（特别篇）第128话：黑暗组织10亿元抢劫事件（组织）第129话：来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件（组织）第130、131话：竞技场无差别胁迫事件（哀的话令人费解：工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了）第162话：空中的密室（特别篇）第170、171话：黑暗中的死角（新出登场）第174话：20年的杀意，新弗尼号连续杀人事件（特别篇）第176—178话：与黑衣组织的再会（组织）第184话：诅咒的假面在冷笑（特别篇）。第188—193话：性命交关的复活（第二次恢复）第208话：通往迷宫的入口（特别篇）第219话：名侦探大集合（特别篇）第222—224（平次，和叶感情升华，人鱼小岛签名册上有宫野志保的名字）第226.227话：战斗游戏的陷阱（茱蒂登场）第230、231话：谜一样的乘客（赤井登场）第242话：元太的灾难（提到GIN是左撇子）第246、247话：陷入网中的谜团（哀和兰正是交好）第253、254话：本厅刑事恋爱物4（小兰对赤井的感觉以及新出超强的模仿力）第258、259话：从芝加哥来的男子（詹姆斯登场）第263话：浪花剑士与太阁之城（特别篇）第269、270话：犯罪的纪念品（有提警察局关于毛利的案卷被偷一事）第271、272话：急忙掩饰的忽略（茱蒂）第277、278话：英语老师VS西部名侦探（茱蒂）第286—288话：工藤新一纽约事件第304话：震动的警视厅1200万人质（特别篇）第309—311话：与黑暗组织接触（组织）第329、330话：被挑拨的友情（提到了灰原的父亲：宫野厚司。原来他是化学领域非常有名的科学家，被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，待人和气有礼，而且是阿笠博士的旧识）第335、336话：东都显影所的秘密（有神秘人）第338.339话：4台保时捷（茱蒂和贝尔摩德假扮的新出发现哀）第340、341话：WC影藏的秘密（更多关于哀父母的事）第342话：豪斯登堡的新娘（特别篇）第343、344话：便利店的陷阱（最后一段是兰发现茱蒂藏的照片，怀疑茱蒂）第345话：与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案（特别篇。组织和“新一”出现）第346话：寻找P股上的印记（上集的扫尾：哀拒绝证人保护计划的事）第356话：怪盗基德的惊异的空中步行（特别篇）第383话：甲子园的奇迹绝不能输给看不见的恶魔（特别篇）第425话：被组织的魔掌触碰的瞬间（水无怜奈登场，小五郎受怀疑，若不是秀一就死了）第429、430话：无法回到从前的两人（本堂）第449话：本厅刑警的恋爱故事虚假的婚姻（特别篇）。第452话：金刀比罗座的怪人（特别篇）第462—465话：黑暗组织的影子（组织）第472、473话：新一少年时的冒险（小时候的新一）第479话：和服部平次一起的三天（特别篇）第488话：电视台的恶魔（特别篇）第489话：法庭对决3目击者是检察官（特别篇）第490话：服部平次对工藤新一滑雪场的推理对决（特别篇）第491—504话：红与黑的碰撞（组织VS美国联邦调查局）第509话：红白黄与侦探团（冲矢昴登场）第511话：推理对决新一VS冲矢昴（两人同时进行推理）第521话：杀人犯工藤新一（特别篇）第522、523话：真正想问的话（新一和兰）第537、538话：怪盗基德VS最强金库（基德）。第551、552话：犯人是元太的爸爸（第一次见元太爸爸）第554、555话：白鹤神秘之旅（柯南为小兰奋不顾身）第558—561话：死亡之馆（柯南中的三国）第581话：红色飘摇的目标（疑似赤井出现）第585话：跨越时空的樱花之恋（白鸟警官与小林老师的爱恋）第592、593话：猴子和熊手的酉之市侦探物语（小兰的爱情幸运签）第606、607话：法庭的对决审判是小林橙子（妃英理VS九条玲子）第608、609话：背叛的是白色情人节（男生给的情人节回礼）第611—613话：犬伏城（特别篇）第616—621话：福尔摩斯的默示录（特别篇，新一向兰告白）