生物信息学常用软件简介序言内容概要二.生物学软件部分常见功效使用技巧PCR引物设计DNA、蛋白质序列同源分析及进化树构建ContigExpress----DNA序列片断拼接DNA模拟电泳三生物信息学软件系统平台生物信息学软件普通能够分成商业和开源两大类,大部份商业软件都是用在windows平台下,而大部分开源软件是在unix/linux平台下.大部分软件基于unix/linux平台.一生物信息学软件主要功效介绍FASTA格式又称Pearson格式，该序列格式要求序列标题行以大于号">"开头，下一行起为详细序列。普通提议每行字符数不超出60个，以方便程序处理。多条核苷酸序列格式即将该格式连续列出即可IDidentificationcodeforsequenceinthedatabaseACaccessionnumbergivingoriginofsequenceDTdatesofentryandmodificationKWkeycross-referencewordsforlookupupthisentryOS,OCsourceorganismRN,RP,RX,RA,RT,RLliteraturereferenceorsourceDRi.d.InotherdatabasesCCDescriptionofbiologicalfunctionFH,FTinformationaboutsequencebybasepositionorrangeofpositiionssourcerangeofsequence,sourceorganismmisc_signalrangeofsequence,typeoffunctionorsignalmRNArangeofsequence,mRNACDSrangeofsequence,positionofintronmutationsequenceposition,changeinsequenceformutationSQcountofA,C,G,Tandothersymbolsgaattcgataaatctctggtttattgtgcagtttatggttccaaaatcgccttttgctgt60atatactcacagcataactgtatatacacccagggggcggaatgaaagcgttaacggcca120..//symboltoindicateendorsequence(2)峰图转化(phred)Phred是phred\phrap软件包一部分，主要是用来分析和装配基因组中大片段序列。phred能处理测序仪直接生成色谱图，而且产生相关信息。phred\phrap软件包由华盛顿大学分子生物技术学院PhilGreen和BrentEwing开发，主要用于学术科研活动。官方网站：http://www.phred.org汉字教程：http://www.cbi.pku.edu.cn/chinese/documents/quickguide/guidePhrap.pdfDotplotofacross_matchcomparisonofstrainsMGAS8232andSF370genomesequences.cross_matchwasrunwithdefaultparametersexcepttheminimummatchwassetto100（5）序列聚类拼接I序列组装(phrap)phrapisaprogramforassemblingshotgunDNAsequencedata.Amongotherfeatures,itallowsuseoftheentirereadandnotjustthetrimmedhighqualitypart,itusesacombinationofuser-suppliedandinternallycomputeddataqualityinformationtoimproveassemblyaccuracyinthepresenceofrepeats,itconstructsthecontigsequenceasamosaicofthehighestqualityreadsegmentsratherthanaconsensus,itprovidesextensiveassemblyinformationtoassistintrouble-shootingassemblyproblems,andithandleslargedatasets.ProgramsinHMMERCurrently,theHMMERpackagecontainsnineprograms.Twooftheseareprogramsfordatabasesearchin