Dharmacon的siRNA性价比分析Dharmacon公司早在2004年发表在NatureBiotechnology上的文章提出了siRNA设计的8大原则，包括GC含量控制，3’端碱基偏向性，减少重复序列、特异位点的碱基偏好性等等。随着研究的深入，Dharmacon的SMARTselection参数设计在传统的8个控制参数基础上，增加诸如SNPs位点、高度冗余序列和高度同源序列、siRNA反义链“seedregion”以及某些毒性或者干扰素motif的过滤。Dharmacon公司的siRNA商品和前面介绍的预证siRNA不同------它不是一个一个单独验证有效，而是以SMARTpool形式提供，即将4条由SMARTselection技术设计的siRNA按照比例混合，确保对任何人、小鼠和大鼠三个物种已知基因有高效沉默性（证标准条件下沉默基因表达水平≥75％，超过85％的SMARTpoolsiRNA试剂可以沉默靶基因表达水平至少90%甚至更高）。混合siRNA提高了实验的成功率，5nM的价格目前的市场报价为3900RMB，不用验证也可确保有效沉默（很取巧的方法）。Dharmacon还会根据最新的NCBI序列数据库中靶基因序列的更新而升级相关产品。不过，鉴于混合siRNApool无法了解到底那个siRNA真正有效，混合siRNA有引发副反应的可能且难以排除，Dharmacon也为已经买过SMARTpool产品的用户提供SMARTpoolupgrade（如果你不买SMARTpool，可以选择购买Setof4，设计方法都一样的，但价格要贵几乎一倍），即以4条单独的siRNA形式提供。4条独立的siRNA针对目标基因的4个不同位点，提供序列信息；保证4条siRNA中有3条可以有效沉默目的基因表达水平至少75％。由于单条的双链siRNA可以不受混合siRNA试剂的影响而对其功能进行单独分析；降低因个别序列引起的脱靶效应，有效降低实验结果假阳性，只需收获您的阳性结果，减少反复筛选实验的需要，一步到位沉默靶基因。如果每个siRNA2nmol，4个报价￥3900（Setof4￥7140，OnTargetPlus的价格￥8400.）。如果你不想要4条----厂家保证4条里有3条75%有效，最差的也保证50%有效，单独购买每条报价￥2340（5nmol）。Dharmacon公司最新研究成果表明：siRNA的SeedRegion（反义链2-7nt序列）和mRNA的3'-UTR的匹配关系与基因沉默中的脱靶效应相关，因此，单独对正义链的修饰失活并不能完全降低脱靶效应。Dharmacon公司ON-TARGETplussiRNA不单通过修饰正义链阻止其与RISC的相互作用，并促进反义链与RISC的相互作用；并且通过修饰反义链的SeedRegion从而将于SeedRegion相关的脱靶效应降到最低，结果表明双重修饰减少脱靶效应可达90％以上，真正意义上排除基因沉默中的脱靶效应，有助于提高siRNA的特异性，降低假阳性，增加基因沉默实验可信度。5nmol的SMARTpoolON-TARGETplussiRNAwww.cellservice.cn报价￥5100,Upgrade则4860。Dharmacon所提供的siGENOME试剂是相当全面和灵活的基因沉默平台，它支持研究的各个阶段，比如从最初的药物靶点筛选到后来临床治疗阶段效果的确认。目前为止已涵盖人、小鼠和大鼠三个物种的基因组范围内NCBI基因序列数据库中所有已知基因，有超过确保沉默81,000（包括人，小鼠，大鼠）个基因的siRNA试剂。