ABEEMσπ模型生物大分子电荷分布并行处理的研究的中期报告.docx
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ABEEMσπ模型生物大分子电荷分布并行处理的研究的中期报告本研究旨在探究ABEEMσπ模型生物大分子电荷分布并行处理的可能性和有效性,以提高分子模拟计算的效率。在前期研究中,我们已经成功地实现了ABEEMσπ模型分子的电荷分布计算,并针对分子量级较大的生物大分子进行了计算。然而,由于计算量较大,单个计算节点的计算速度较慢,难以满足实际应用的需求。为了解决这个问题,我们提出了一种基于MPI并行框架的ABEEMσπ模型生物大分子电荷分布计算方法。具体来说,我们将分子配置文件分解成若干个小块,每个小块分配给一个计算节点进行计算,随后将计算结果合并到主节点。在这个过程中,我们还采用了异步通信机制和流水线技术来优化通信效率,减少计算节点之间的等待时间。目前,我们已经实现了该方法的基本功能,并进行了一系列性能测试。测试结果显示,我们的并行计算方法能够实现较好的加速比,并具有较好的可扩展性。同时,我们也发现了一些潜在的瓶颈,如数据分块的策略和通信模式的选择等,这些问题将是我们未来的研究重点。综上所述,我们的研究表明,基于MPI并行框架的ABEEMσπ模型生物大分子电荷分布计算方法具有很大的应用前景和优化空间,未来我们将继续优化和完善该方法,以提高分子模拟计算效率和精度。