GaussView高斯软件教程 PPT.ppt
上传人:王子****青蛙 上传时间:2024-09-14 格式:PPT 页数:39 大小:2.4MB 金币:10 举报 版权申诉
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GaussView使用简介2Gview的界面及主要功能键的介绍第一行为菜单栏:View这里面的选项都是于分子的显示有关的,如显示氢原子,显示键,显示元素符号,显示坐标轴等Result:显示计算的结果,包括电荷,静电势表示的表面,振动,频率,核磁,势能面扫描,优化等。注意有些结果只能用检查点文件才能显示。大家有疑问的,可以询问和交流常用功能键的介绍1112131415以构建一个间氟苯乙烷分子并从Gview里递交计算为例来说明(3).在当前工作窗口(打开Gview时程序自动打开一个工作窗口,如下图)也可通过路径新建一个工作窗口在这个窗口中点鼠标左键窗口中就会出现苯分子,见下图(5).回到工作窗口在苯环上的任一个H上单击左键,将H置换成F。根据C-F键的长度在0.675和2.700之间的方框内进行C-F键的调整。完毕后点击OK即可。(7).在工作窗口内空处点左键,用我们前面讲过的命令调节苯和乙烷间的距离和角度将鼠标放在分子上,按左键左右或前后移动,可以调节分子的角度;将鼠标放在分子上,前后移动,可以将分子放大或缩小。Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平移分子当工作窗口内有多个分子时[在构建大的分子时,这种情况很容易出现]这时可用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子,以调节各个分子间的距离。可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度,以调节各个分子间的角度。Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上,左右或前后移动,可以调节分子的角度]这个功能连用。具体的好处需要自己去试至此分子构建已完成。9).Gview存储个人常用分子的功能。Gview中只有常用的一些环状分子和链状分子,远不能满足研究特定体系的特殊需要。不过Gview有一个功能可以弥补这个缺憾:可以把常用的分子或官能团存在制定的文件夹内。在需要时可以直接调用。双击view上的图标,在下面的对话框中键入相关项目,保存即可(10).查看分子的对称性从Edit-Pointgroup路径可以查看所构建分子的点群。点击Pointgroup后,出现如下窗口:为C1点群,其下拉菜单中的为可能的点群(改变Tolerance,也可帮助我们判断所构建体系可能有的点群)(12).向Gauss递交计算。点Gview界面上Calculation会出来一个递交计算的对话框。从所给的对话框中可以选择工作类型JobType(如优化,能量或频率等);计算方法Method(如半经验方法,HF方法,DFT方法,MP方法等,还可以选定基组);Title(对所要做的计算给一个说明,以备以后的查看)Link0(给检查点文件命名,还可以在此用RWF命令设置临时数据交换文件的大小);General,Guess,(这两个选项主要是给出体系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测);NBO(可在此设定NBO计算),PBC(可在此设定晶体的有关计算),Solvation(可在此设定溶液中的计算,除了选择溶剂外,还要选择模拟溶剂的理论模型)的Gaussian结算结果可视化的实现选择File,打开一个已经正常计算完的结果,然后选择Results,就可以出现以下选项见下图选择Vibrations选项,就可以直接查看分子的振动模式(见下图)同样也可以看到分子的红外和拉曼光谱选择Edit然后在选择MOs,就可以实现对分子轨道的可视化如右图所示构建分子中的注意事项在构建分子前,应对分子的键长,键角和点群等有一个详细的了解。这样在构建过程中才能更好的把握细节,如构建大分子时,各个集团间的键长,键角和二面角一定要给的准确。相当一部分的错误(如SCF不收敛,1502报错等)都是分子建模不合理造成的。分子模型不合理导致程序根据分子模型所得的薛定鄂方程不合理,也就导致了对方程的解不能顺利完成,所以报错。对于大分子,不会出现分子直线排步的情况,链烃通常为锯齿型的排列,环之间总是有一定的夹角,共面情况虽有但不多见,这些都是在构建分子模型的过程中需要注意的。再者,分子建模是量化计算的一个难点,特别是对金属配合物,块状体系和纳米体系的构建。只有给出合理的结构,程序才能给出合理的解。如果不能体现出分子的对称性,则程序不能正确判断分子轨道的对称性,这在涉计到反应机理和轨道相互作用的研究中可能会导致错误的判断。