一、运费发票抵扣的有关规定（一）运输发票抵扣类型：1、运输单位提供运输劳务自行开具的运输发票；2、运输单位主管地方税务局及省地方税务局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票（包括地方税务局代开部份）准予抵扣；3、被认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输发票也准予计算抵扣进项税额。4、其他单位代运输单位和个人开具的运输发票一律不得抵扣。（二）准予抵扣的货物运费金额：指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用，装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。（三）对运输发票填写要求：从2004年7月1日起，全国统一使用《公路、内河货物运输业统一发票》。1、该发票必须采用税控收款机系列产品开具，手写无效。2、填开发票时，需要录入的信息除发票代码和发票号码（一次录入）外，其他的内容包括：开票日期、收货人及纳税人识别号、发货人及纳税人识别号、承运人及纳税人识别号、主管税务机关及代码、运输项目及金额、其他项目及金额、代开单位及代码（或代开税务机关及代码）、扣缴税额、税率、完税凭证（或缴款书）号码、开票人。在录入上述信息后，税控收款机按规定程序自动生成并打印的信息包括：机打代码、机打号码、机器编号、税控码、运费小计、其他费用小计、合计（大写、小写）。录入和打印时应保证机打代码、机打号码与印刷的发票代码、发票号码相一致。3、为了保证在稽核比对时正确区分收货人、发货人中实际受票方（或抵扣方），在填开《货运发票》时应首先确认实际受票方，并在纳税人识别号前打印“+”号标记。“+”号与纳税人识别号之间不留空格。在填开收货人及纳税人识别号、发货人及纳税人识别号、承运人及纳税人识别号、主管税务机关及代码、代开单位及代码（或代开税务机关及代码）栏目时应分二行分别填开。4、有关项目的逻辑关系：运费小计=运费项目各项费用相加之和；其他费用小计=其他项目各项费用相加之和；合计=运费小计+其他费用小计；扣缴税额=合计×税率。税率按法律、法规规定的税率填开。5、《公路、内河货物运输业统一发票》应如实一次性填开，运费和其他费用要分别注明。“运输项目及金额”栏填开内容包括：货物名称、数量（重量）、单位运价、计费里程及金额等；“其他项目及金额”栏内容包括：装卸费（搬运费）、仓储费、保险费及其他项目和费用。备注栏可填写起运地、到达地和车（船）号等内容。〈国家税务总局关于使用公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知〉（国税函[2004]557号）（四）运输发票抵扣时限：增值税一般纳税人取得２００３年１０月３１日以后开具的运输发票，应当在开票之日起９０天内向主管税务机关申报抵扣，最迟不应超过自发票开具日９０天后的第一个纳税申报期结束以前。（六）运输发票信息采集：1、从２００３年１２月１日（税款所属时期）起，增值税一般纳税人统一使用电子申报软件采集运输发票抵扣信息。一般纳税人使用电子申报软件进行增值税纳税申报，必须同时录入运输发票抵扣信息并生成《增值税运输发票抵扣清单》电子信息和纸质文件，连同其他必报资料在每月征期时一并报送主管税务机关。中介代理机构代理一般纳税人纳税申报的，必须同时代理录入运输发票抵扣信息。未按要求报送《增值税运输发票抵扣清单》的，可退回纳税人重新报送。当月仍不报送的，其运输发票进项税额不得抵扣。2、从2003年12月1日起，国家税务局对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。比对不符的，一律不予抵扣。对比对异常情况由稽查部门进行稽查，经查实确有问题的，由主管税务局追回已抵扣税款，并按《中华人民共和国税收征收管理法》等有关规定进行处罚。《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）（七）运输发票盖章规定：1、地方税务局代开货运发票时，应加盖代开发票地方税务局发票专用章，专用章要有代开票地方税务局名称和地方税务局代码。2、中介机构（代开发票纳税人）代开货运发票时，要加盖中介机构开票人专章，专章的左边为中介机构纳税人识别号，中间为中介机构主管税务局名称，右边为中介机构主管税务局代码。3、自开票纳税人开具货运发票时，应加盖财务章或发票专用章。《国家税务总局关于使用公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》（国税函[2004]557号）、《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理有关问题的通知》（国税发明电[2003]55号）（八）铁路运费特殊规定1、增值税一般纳税人购进或销售货物（固定资产除外）所支付的铁路运输费用，准予抵扣的范围限于铁路运输部门开具的货票上注明的以下项目：运输运营费用（即发到运费和运行运费）；铁路建设基