教学重点微生物分类学是研究微生物分类理论和技术方法的科学。其目的是研究各类微生物的特征及其亲缘关系，为微生物资源的利用、控制和改造提供理论根据。其内容包括分类（classification）鉴定(identification)和命名(nomenclature)3部分。目前，已记载过的生物种数约为150余万种，其中微生物为10～20万种，而且还在急剧的扩大。分类是根据一定的原则对微生物分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并描述各个类群的特征。鉴定是指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定某一微生物应归属类群的过程，通过鉴定可达到知类、辨名的目的。命名是根据国际命名法规，为一个未知名字的新培养物确定其学名的过程。生物种类极其繁多。据估计，目前人们已鉴定命名的约有200万种，其中微生物约有20万种。第一节微生物的分类单元与命名（一）种以上的分类单元种（species）微生物种是表型特征高度相似、亲缘关系极其接近与其他种有明显差异的一群菌株的总称。在具体分类时，常用一个被指定的能代表这个种群的模式菌株或典型菌株（typestrain）作为该种的模式种（typespecies）来定种，模式种往往是定为一个新属的第一个种或第一批种之一，也可以是在某一已知属内任意指定的种。（二）种以下的分类单元培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。二、微生物分类单元的命名Bacillussubtilis（Ehrenberg）Cohn1872如：cillusthuringiensissubsp．Galleria第二节微生物分类鉴定方法2．代谢产物如通过检查微生物能否产生有机酸、乙醇、碳氢化合物、气体及硫化氢等；能否分解色氨酸产生吲哚；能否分解糖，能否产生色素、抗生素等。（三）生态特征二、化学分析法（四）磷脂、醌、多胺分析磷脂磷脂的种类很多，其中有5种可作为鉴定的指标：磷脂酰乙醇胺（PE）、磷脂酰甲基乙醇胺(PME)、磷脂酰胆碱(PC)、磷脂酰甘油(PG)和一种含葡萄糖胺未知结构的磷脂。运用高度标准化的SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）分析，对支原体、细菌、放线菌和真菌的鉴定。大量研究表明全细胞蛋白质分析和DNA-RNA杂交有高度相关性，故此法可用于种和种以下的分类鉴定。常用的电泳方法有单向电泳和双向电泳，并应用特定的计算机软件对电泳图谱进行分析。三、遗传特征分类法（二）核酸杂交法不同微生物DNA碱基排列顺序的异同直接反应它们之间亲缘关系，碱基排列顺序差异越小，它们之间的亲缘关系越近，反之亦然。由于碱基对的排列顺序不能由DNA(G+C)mol%值反映微生物的亲缘关系，所以，目前分类学主要采用较为间接的比较方法——核酸杂交（nucleicacidhybridization），来比较不同微生物DNA中碱基排列顺序的相似程度，以进行微生物的分类。1.DNA-DNA杂交原理：在高温条件下，DNA双链离解成单链（变性），降温（退火）后互补的单链又可以重新结合形成双链DNA（复性）。根据DNA的这个特性，将两个不同的细菌的单链变性DNA混合，如果：结合成完整的双链——杂交率为100%。同源程度很高，其碱基顺序完全相同；部分结合，杂交率小于100%。同源程度不高，则单链会形成不同微生物之间。不同微生物之间，DNA同源程度越高，其杂交率就越高。＜20%不同菌属；20%～60%属内密切相关的种；＞60%的同种；＞70%同一亚种。2.DNA–rRNA杂交当两个菌株DNA的非配对碱基超过10%～20%时，DNA-DNA杂交往往不能形成双链，因而限制DNA–DNA杂交主要用于种水平上的分类。比较亲缘关系更远的菌株之间的关系，需要用rRNA与DNA杂交。rRNA是DNA转录的产物。rRNA-DNA杂交也可以显示不同的细菌的碱基顺序的相似程度，因为rRNA的碱基顺序与一股单链DNA的碱基顺序互补。DNA同源性很低的两菌株，DNA-DNA杂交率很低或不能杂交时，用DNA-rRNA杂交，仍可表现出较高的杂交率，故可以比较亲缘关系较远的菌株间的关系，进行属及属以上分类单元的分类。DNA-rRNA杂交与DNA–DNA杂交的原理和方法基本相同。3.核酸探针核酸探针（probe）是指能特异识别特异核苷酸序列的、带有标记的一段单链DNA或RNA分子。换句话说，它是能与被检测的特定核苷酸序列（靶序列）互补结合，而不与其他序列结合的带标记的単链核苷酸片段。根据特异性的不同，核酸探针在微生物鉴定与检测中的作用也不同，有的探针只用于某一菌型的检测，有的可用于某一种、属、科至更大类群范围的微生物的检测或鉴定。核酸探针分为基因组DNA探针、RNA基因（cDNA）探针、RN