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基于代谢网络的系统发生树的构建的任务书任务:构建基于代谢网络的系统发生树介绍:代谢网络是生命科学中常用的一种数据分析工具,可以通过它来分析代谢物之间的相互作用,揭示代谢通路的结构和功能。在代谢网络中,各种代谢物相互作用形成一个复杂的网络结构,这个网络结构不仅可以用来理解生物体内代谢反应的调节和协调,也可以被用来预测具有生物学意义的代谢物或代谢通路。系统发生树是一种描述生物物种间亲缘关系的图形,也可以用来研究生物进化。这个树状结构可以显示生物物种之间的进化关系,进而帮助我们理解生物多样性和生物物种的分类。在本次任务中,我们将会利用代谢网络来构建系统发生树,进一步发掘生物物种间的进化关系和代谢通路之间的相互关系。为了完成这个任务,你需要:任务要求:1.熟悉Python编程语言,了解代谢网络的相关算法和工具;2.学习系统发生树的构建算法和相关的python库;3.根据已有的代谢网络数据构建系统发生树;4.验证构建的系统发生树是否合理,比较不同方法构建的系统发生树之间的差异;5.编写一个简单易用的Python包,实现基于代谢网络的系统发生树构建算法。预计结果:通过完成本任务,你将会:1.掌握代谢网络分析的基础知识和算法;2.掌握系统发生树构建的相关算法和Python库;3.熟悉用Python实现基于代谢网络的系统发生树构建算法的过程;4.对代谢网络和系统发生树构建算法有更深入的了解,促进对代谢和生物进化的研究。参考资料:1.“Thereconstructionofmetabolicnetworks.”KarpPDetal.Annualreviewofbiophysicsandbiomolecularstructure,2004.2.“Phylogeneticanalysisusingparsimony(andothermethods).”RaganMA.Currentprotocolsinmicrobiology,2001.3.“Pythonforbiologists.”MartinJones.O'ReillyMedia,Inc.,2015.4.“Biopython:freelyavailablePythontoolsforcomputationalmolecularbiologyandbioinformatics.”CockPJAetal.Bioinformatics,2009.