基于代谢网络的系统发生树的构建的中期报告代谢网络是生物系统内化学反应之间相互作用的动态模型。系统发生树（SystemsBiologyTree，SBT）是一种基于代谢网络的分析方法，可用于比较不同生物物种之间代谢网络的相似性和差异性，从而揭示生物进化和物种间的关系。本文旨在介绍我们正在进行的一个基于代谢网络的SBT构建项目的中期报告。在本项目中，我们选择了10种不同进化水平的生物物种：大肠杆菌，拟南芥，果蝇，斑马鱼，小鼠，猴子，人类，大熊猫，鲸鲨和霉菌。我们首先获取了这些物种的代谢网络数据，然后对这些数据进行了标准化和预处理。接下来，我们利用这些数据构建了每种物种的代谢网络，并且将这些网络与公共代谢网络数据库进行比较和校正，以确保其准确性和完整性。在代谢网络的构建过程中，我们采用了一种基于拓扑结构的方法来计算每个代谢物在网络中的中心性，并将其用作SBT的基础参数。然后，我们将这些代谢物中心性数据作为输入，应用聚类分析和可视化技术，构建了每种物种的SBT。截至目前，我们已经成功构建了所有10种物种的SBT，其中每种树包含了200-500个代谢物和它们之间的中心性关系。我们还将SBT的数据输出到一个公共数据库中供其他研究者使用和查询。未来的工作将包括对这些SBT进行比较分析，以揭示生物进化和物种间的关系，并发现基因功能和代谢通路等方面的共同性和差异性。总之，通过这项研究，我们期望能够建立一种全新的生物进化分析工具，为生物学研究和应用提供更全面和深入的帮助。