基于RNA-seq技术的宫颈鳞癌转录组学研究的任务书任务书一、选题背景宫颈鳞癌是女性生殖系统常见的恶性肿瘤之一，其发生和发展与基因的异常表达有关。目前，RNA-seq技术已经成为研究基因表达水平最为常用的方法之一。通过RNA-seq技术，可以在转录组水平上对宫颈鳞癌进行深入的研究，从而探索宫颈鳞癌的发生和发展机制，为宫颈鳞癌的防治提供新的理论和实践指导。二、研究目的和内容1.研究目的通过RNA-seq技术，对宫颈鳞癌和正常宫颈组织的转录组进行分析，发现宫颈鳞癌的关键基因和通路，并研究其在宫颈鳞癌发生和发展中的作用，为宫颈鳞癌的预防和治疗提供理论依据。2.研究内容（1）样本处理：收集20例宫颈鳞癌和20例正常宫颈组织样本，并进行总RNA提取、RNA纯化、RNAlibrary构建和测序。（2）数据处理：对RNA-seq数据进行QC分析和高质量的过滤，然后利用基因注释数据库对RNA-seqreads进行比对。提取出的转录本进行聚类分析，筛选出不同表达的基因集合。（3）分析差异表达基因：利用DESeq2软件对转录组数据进行差异表达分析，筛选出显著差异表达的基因。（4）功能富集分析：对差异表达基因进行功能注释和KEGG通路分析，筛选出与宫颈鳞癌发生和发展密切相关的通路和基因。（5）验证差异表达基因：采用RT-qPCR验证筛选出的差异表达基因，进一步确定其在宫颈鳞癌中的作用。三、研究进度时间完成内容1-2周提取宫颈鳞癌和正常宫颈组织总RNA，构建RNAlibrary，进行RNA-seq测序3-5周对RNA-seq数据进行质量控制和过滤，在比对数据库中找到不同表达的基因集合6-8周根据统计学分析，筛选出差异表达的基因，并进一步进行生物信息学分析9-11周利用RT-qPCR验证筛选出的基因12周撰写毕业论文，并进行答辩四、研究人员和设备研究人员：1名指导老师，1名学生研究员设备：RNA测序仪，常规实验设备和仪器五、预期成果1.该研究将对宫颈鳞癌和正常宫颈组织的转录组进行分析，从而发现宫颈鳞癌的关键基因和通路。2.根据RNA-seq结果，筛选出宫颈鳞癌的显著差异表达基因，并进行验证，确定其作用。3.该研究将为宫颈鳞癌的预防和治疗提供新的理论和实践指导。六、参考文献1.TianL,LiM.Transcriptomeprofileanalysisofcervicalcancerandnormalcervicaltissue[C].4thInternationalConferenceonBiomedicalEngineeringandEnvironmentalManagement,Wuhan,China,2018.2.HuJ,WuC,ZhaoR,etal.Transcriptomeprofilingofcervicalcancertissuesandmatchednormaltissues:Geneexpressionandalternativesplicing[J].SpliceosomalPre-mRNASplicing.2019,1984:305-314.3.GaoY,LiuS,LiX,etal.Transcriptomeanalysisofcervicalcancercellsandnormalcervicalepithelialcells:Identificationofkeygenes[J].CancerManagementandResearch.2019,11:4035-4044.