分子元胞自动机的DNA自组装实现的任务书.docx
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分子元胞自动机的DNA自组装实现的任务书任务描述:在二维平面上实现分子元胞自动机的DNA自组装,使得自组装后的DNA序列符合预设规则。具体要求如下:1.使用Python语言实现基于分子元胞自动机的DNA自组装,模拟DNA自组装的过程。2.设计分子元胞自动机规则,使得分子元胞可以自发地组装成规定的DNA序列。DNA序列由A、T、C、G四种碱基随机组成,长度为n。3.分子元胞自动机实现的过程中,需要考虑碱基之间的相互作用,以及DNA不同碱基之间的一些排斥或吸引作用,模拟真实的自组装过程。4.可视化展示DNA自组装的过程,并记录每一步的自组装结果。5.设计特定的DNA自组装规则,实现指定DNA序列的自组装,保证自组装的结果正好对应着预设的DNA序列。6.验证程序的正确性,应能成功自组装出所有指定长度、指定顺序的DNA序列。任务分解:1.确定分子元胞自动机的细节实现方式,包括选择分子元胞单元的大小,如何模拟碱基相互作用等。2.设计并实现分子元胞自动机规则,模拟DNA自组装的过程。3.可视化展示DNA自组装的过程,并记录每一步的自组装结果。4.设计指定DNA序列的自组装规则,并编写代码实现。5.验证程序的正确性,利用不同长度和不同顺序的DNA序列进行测试,并对测试结果进行分析。参考资料:1.Rothemund,P.W.(2006).FoldingDNAtocreatenanoscaleshapesandpatterns.Nature,440(7082),297-302.2.Seeman,N.C.(2003).DNAinamaterialworld.Nature,421(6921),427-431.3.Minsky,B.D.,&Winfree,E.(2017).Biomolecularcomputing.ProceedingsoftheIEEE,105(2),310-337.