EMSA 操作手册.doc
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EMSA操作流程寡核苷酸标记:将序列互补的寡核苷酸片断在TEN-buffer(10mMTris,1mMEDTA,0.1MNacl,pH8.0)中按摩尔比1:1混合。95℃10min使核苷酸片断充分解离。将样品缓慢冷却至15-25℃。用灭过菌的TEN-buffer将核酸稀释至3-4pmol/ul取3.85pmol或100ng稀释好的核苷酸加入小炮弹管中,并加入ddH2O使终体积达到10ul。(对照管中加入1ul对照寡核苷酸(管6)和9ul的ddH2O)。将以上小管放在冰上并依次加入以下试剂:4ul5×Labelingbuffer(管1)4ulCoCl2-solution(管2)1ulDIG-ddUTPsolution(管3)1ul末端转移酶(400U)(管4)小心的将以上溶液混匀并迅速进行离心。在37℃反应15min,之后置于冰上。加入2ul0.2MEDTA(pH8.0)终止反应。再加入3ulddH2O,使终体积达到25ul,标记好的寡核苷酸浓度达到4ng/ul或0.155pmol/ul。标记效率测定:试剂准备:见样品检测部分的试剂准备。按下表制备系列稀释的制备标记寡核苷酸和对照组标记寡核苷酸。管号寡核苷酸(ul)稀释母液管TEN-buffer稀释倍数终浓度(fmol/ul)终浓度(ng/ul)1最初管0-1554221181:1015.50.4322181:1001.550.04423181:10000.1550.0045--20-00各取对照组和制备组1-5号管中标记的寡核苷酸1ul点在尼龙膜上紫外灯下交联5min或120℃烤30min使标记的寡核苷酸固定在膜上。15-25℃在Washingbuffer中漂洗膜2min。在10mlBlockingsolution中孵育30min。在20mlAnitybodysolution中孵育30min。用10mlWashingbuffer漂洗两次,每次15min。在10mlDetectionbuffer中平衡2-5min。将膜转有DNA的一面向上平放于塑料膜上,在上面均匀加上0.1mlCSPDworkingsolution。立即将塑料膜折起,盖在尼龙膜上,避免气泡产生,使CSPD能均匀分布于膜表面,15-25℃孵育5min。挤出多余的液体,将塑料膜沿尼龙膜边封好,在37℃再孵育10min。15-25℃用X胶片曝光15-25min。通过与对照组DIG-标记的DNA(管7)曝光情况对比就可以确定标记的效率。样品检测:配制浓度为6-8%含0.5×TBE的非变性聚丙烯酰胺凝胶。(配方:3.6mlH2O;1.2ml丙稀酰胺;600ul甘油;600ulTBE;AP42ul;TEMED2.1ul)将用DIG标记的寡核苷酸链用水稀释到15-30fmol/ul.将标记的对照组寡核苷酸链用水稀释到15.5fmol/ul.样品准备:编号样品(实验组/对照组)1标记的寡核苷酸2标记的寡核苷酸和相应蛋白3标记的寡核苷酸和相应蛋白及用于特异竞争的未标记寡核苷酸。(125倍于标记寡核苷酸)配制反应体系:123BindingBuffer(5号试剂瓶)4ul4ul4ulpoly[d(L-C)](9号瓶)1ul1ul1ulpolyL-Lysine(11号瓶)1ul1ul1ulDIG-标记的寡核苷酸(7号瓶)[0.4ng/ul]2ul2ul2ulddH2O12ul11ul10ul未标记核苷酸(6号瓶)[0.1ug/ul]--1ulOct2Afactor(8号瓶)[25-75ng/ul]-1ul1ul将配好的反应体系混合均匀,在15-25℃温育15min。将反应体系转移至冰上并在每管中加入5ul无溴酚蓝的Loadingbuffer(12号瓶)并迅速上样电泳。[电泳缓冲液:0.5×TBE(Tris-borate-EDTAbuffer,10×:890mMTris,890mMboricacid,20mMEDTA,pH8.0)]注意:电泳时不能使胶过热,应在4℃中进行。电泳恒压40V,5h(根据DNA片断大小进行调整)。小心的分开两块胶板,将一块同胶等大的尼龙膜在转膜buffer(0.5×TBE)中平衡5min后贴在膜上,赶尽胶与膜之间的气泡。将4层与胶等大的滤纸在转膜buffer中平衡后铺于尼龙膜上,用玻璃棒赶出滤纸和膜之间的气泡。将剩下的一块玻璃板和胶分离,再在胶暴露的一面贴上4层平衡好的滤纸。置整个体系于转膜设备中,在恒压30V的条件下转膜60min。转膜结束后,将膜取出,在80℃烘烤5min。把膜贴在一层用2×SSC(0.03M柠檬酸钠,0.3MNac1)浸透的滤纸上(转有DNA的一面向上),在紫外灯下交联5min。试剂准