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结构生物学的定义结构的重要性疯牛病等构像病的罪魁祸首—Prion分子生物学:现代生物学的主流方向结构在现代生物学里的中心地位举例NobelinStructureTheNobelPrizeinPhysiologyorMedicine1962TheNobelPrizeinChemistry1962TheNobelPrizeinChemistry1964TheNobelPrizeinChemistry1982TheNobelPrizeinChemistry1985TheNobelPrizeinChemistry1988TheNobelPrizeinChemistry1997TheNobelPrizeinChemistry2002TheNobelPrizeinChemistry2003TheNobelPrizeinChemistry2006TheNobelPrizeinChemistry2009内螺旋钾离子通道的离子导通机理钾离子通道结构生物学进展:RoadtostructureswithoutcrystalsOutline同步辐射SynchrotronRadiation各种生物基因组和功能基因组数据获得生物大分子结构的主要技术Howtoobtainstructuresbyproteincrystallography?蛋白质晶体什么是同步辐射?同步辐射装置示意图三种发光元件发光元件同步辐射的亮度(单位时间,单位面积,单位立体角,一定光子能量范围内的光子数)和转靶X光机的比较。Divergence实际的蛋白质单晶分子置换法(MolecularReplacement,MR)同晶置换法(IsomorphousReplacement,IR,SIR/MIR)反常散射法(AnomalousDispersion,AD,SAD/MAD)直接法(Directmethod)EnergyrangeMIR(多对同晶置换)一个同晶置换可以得到两个可能的解。两个同晶置换就可以得到唯一的解。“同步辐射+硒代+样品冷冻”已经成为解析全新结构的标准方法。多波长反常衍射(MAD)原子散射因子MAD同步辐射的作用PDB(ProteinDataBank)同步辐射促进了蛋白质结构的解析生物学家的评论MAD实验的波长选择四个可选择的波长几个波长?反常衍射的分类Peak波长得到的相角三个波长得到的相角人源“Coactosin-like”蛋白同步辐射蛋白质晶体学的发展目前,10微米左右的质量良好的晶体已经能够解析出生物大分子结构。(ESRF,发表于J.Mol.Biol.,367,310-318.2007)SSRF:可能达到5微米。Summary小角散射SmallAngleX-rayScattering获得生物大分子结构的困难小角散射(SAXS)小角散射所需的样品小角散射的优点小角散射(1D)vs衍射(3D)图片来自RIKENSPring-8CenterDr.TetsuroFujisawa小角散射的缺点经典应用最近发展M.B.Kozin,V.V.VolkovandD.I.SvergunJ.Appl.Cryst.(1997).30,811–815用虚拟原子来表示生物大分子形状。模拟退火这些虚拟原子的位置,使得计算谱线与实验最接近。程序:damin和gasborD.I.Svergun,BiophysicalJournal(1999).76,2879–2886重建晶体结构中丢失部分生物大分子复合物研究实例(一)从基因到功能:dCMP脱氨酶Smu206:AnunknownproteinfromS.mutansoroticacid+H2ORegulationofC&TamountsKineticassayofSm206:yes,itisSm-dCDStructuredeterminationofSm-dCDThecrystalsStructuredeterminationofSm-dCDThestructureofSm-dCDThehexamerofSm-dCDTwodifferentZnionsTherolesofZnindCDfunctionConformationmodificationduetoDHOMPanddCTPbindingModificationofquaternarystructureCatalyticmechanism研究实例(二):CooA图片来自RIKENSPring-8CenterDr.TetsuroFujisawa图片来自RIKENSPring-8CenterDr.TetsuroFujisawa图片来自RIKENSPring-8CenterDr.TetsuroFujisawaCooA在结合CO后的变化并不支持晶体学研究的结果。SAXS的结果的仔细分