基因组学的研究内容结构基因组学：基因定位；基因组作图；测定核甘酸序列功能基因组学：又称后基因组学(postgenomic基因的识别、鉴定、克隆；基因结构、功能及其相互关系；基因表达调控的研究蛋白质组学：鉴定蛋白质的产生过程、结构、功能和相互作用方式遗传图谱(geneticmap采用遗传分析的方法将基因或其它dNA序列标定在染色体上构建连锁图。遗传标记：有可以识别的标记，才能确定目标的方位及彼此之间的相对位置。构建遗传图谱就是寻找基因组不同位置上的特征标记。包括：形态标记；细胞学标记；生化标记；DNA分子标记所有的标记都必须具有多态性！所有多态性都是基因突变的结果！形态标记：形态性状：株高、颜色、白化症等，又称表型标记。数量少，很多突变是致死的，受环境、生育期等因素的影响控制性状的其实是基因，所以形态标记实质上就是基因标记。细胞学标记明确显示遗传多态性的染色体结构特征和数量特征:染色体的核型、染色体的带型、染色体的郡度*染包郴擞目变星优坛校RW包缺此数回费为m对生物体的生长发育不利生化标记又称蛋白质标记就是利用蛋白质的多态性作为遗传标记。如：同工酶、贮藏蛋白优点：数量较多，受环境影响小缺点：受发育时间的影响、有组织特异性、只反映基因编码区的信息DNA分子标记：简称分子标记以DNA序列的多态性作为遗传标记优点：不受时间和环境的限制遍布整个基因组，数量无限不影响性状表达自然存在的变异丰富，多态性好共显性，能鉴别纯合体和杂合体限制性片段长度多态性（restrictionfragmentlengthpolymorphismRFLPDNA序列能或不能被某一酶酶切,相当于一对等位基因的差异。如有两个DNA(一对染色体),一相帅!切位点，而另一WT这个位点，酶切后形成的DNA片段长度就有差异，即多态性。可将RFLP作为标记，定位在基因组中某一位置上。微卫星(microsatellite)标记：微卫星又称为简单重复序列simplesequencerepeatSSR)o这种重复序列的重复单位很短常常只有2个、3个或4个核甘酸。如一条染色体TCTGAGAGAGACGC另一染色体TCTGAGAGAGAGAGAGAGACGC,就构成了多态性。遗传图谱的构建方法理论基础连锁与交换基本方法两点测验法和三点测验法植物遗传图谱的构建：选择研究材料（亲本）、构建分离群体、遗传标记检测、标记间的连锁分析选择亲本要求亲缘关系远，遗传差异大。但又不能相差太大以导致引起子代不育对备选材料进行多态（差异）性检测，综合测定结果，选择有一定叁多态性的一对或几对材料作为遗传作图亲O构建作图群体遗传标记的染色体定位：利用遗传学方法或其它方法将少数标记锚定在染色体上，作为确定连锁群的参照系。常用的方法：单体分析、三体分析、代换系分析、附加系分析标记间的连锁分析：利用在两个亲本间有多态性的标记分析分离群体中所有个体的基因型、根据连锁交换的情况，确定标记之间的连锁关系和遗传距离、有计算机软件可以应用物理图谱的构建：用分子生物学方法直接检测DNA标记在染色体上的实际位置绘制成的图谱称为物理图谱。有遗传图谱为什么还要构建物理图谱？分别率有限；人类只能研究少数减数分裂事件，不能获得大量子代个体；个标记的间隔小于实际是599kb;精确性不够、经飒传学认为，交换1随机发生的、基因组中有些区域是重组热点；倒位、重复等染色体结构变异会限制交换重组物理作图的方法1、限制酶作图2、依靠克隆的基因组作图3、荧光原位杂交4、序列标签位点作图有些标记既是遗传标记，又是物理标记标记SSR标记某些基因序列借助这些标记可以将遗传图和物理图整合起来基因组测序策略：有了高密度的基因组图谱，就可以开始全基因组测序了。测序的技术飞速发展，现在可以全自动化。测序的策略有两个：鸟枪法的优缺点优点：不需要高密度的图谱、速度快、简单、成本低缺点：拼接组装困难，尤其在重复序列多的区域；主要用于重复序列少、相对简单的原核生物基因