生物信息学数据库及在线分析工具一、数据库（Database）数据库记录通常包括两部分（一）数据库工具AceDB数据库工具（二）各种生物数据库EXON数据库种类很多（1）GenBankhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/…Locusname（位点名）Accessionnumber（注册号或登陆号）GI（GenInfoidentifier）NID（NucleotideID）ThedivisionsofGenBankThedivisionsofGenBank（2）dbEST(DatabaseofExpressedSequenceTags)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html（3）UniGene数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/（4）dbSTS(DatabaseofSequenceTaggedSites)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/index.html（5）dbGSS(DatabaseofGenomeSurveySequences)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/index.html（6）HTG(High-ThroughputGenomicSequences)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS/Phase0逐步克隆法clone-by-clonereliablebutslow,andthemappingstepcanbeespeciallytime-consuming水稻基因组全基因组大小：430Mb；每个Reads读长450bp；故覆盖每个水稻基因组所需反应：100万；覆盖水稻基因组8X，需要800万反应；每个反应的测序成本为19元，800万反应总共需15200万人民币；人力费800万人民币。（7）基因组数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genome（8）dbSNP(DatabaseofSingleNucleotidePolymorphisms)单核苷酸多态性数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=snpdbSNP主页输入关键词（10）DDBJ(DNADataBankofJapan)（11）EPD(EukaryoticPromoterDatabase)http://www.epd.isb-sib.ch/2、蛋白质数据库（2）TrEMBL(TranslationofEMBL)（3）PIR(ProteinInformationResource)http://pir.georgetown.edu（4）PRF(ProteinResearchFoundation)http://www.prf.or.jp/en/os.html（6）Prositehttp://www.expasy.org/prosite3、结构数据库X射线衍射图、核磁共振（NMR）光谱图和电镜图（文字和三维结构图）（2）SWISS-3DIMAGEhttp://www.expasy.ch/sw3d/4、酶和代谢数据库检索GeneticInformationProcessing检索EnvironmentalInformationProcessing检索CellularProcesses（2）PKR(ProteinKinaseResource)http://pkr.genomics.purdue.edu/pkr/Welcome.do5、物种分类数据库动物界（Animal）脊索动物门（Chordata）脊椎动物亚门（Vertebrata）哺乳纲（Mammalia）啮齿目（Rodentia）鼠科（Muridae）小家鼠属（Mus）小家鼠种（musculus）Taxonomyhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html6、文献数据库（1）PubMedhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/（2）OMIM(OnlineMendelianInheritanceinMan)（3）Agricolahttp://agricola.nal.usda.gov/7、向数据库提交和修改核苷酸和蛋白质序列GrowthofSequenceand3DStructureDatabasesSignedby256researchers（1）向GenBank提交或修改核苷酸序列（2）向SWISS-PROT提交或修改蛋