第六章件包程序使用），也有BLAST格式的（供BLAST数据库搜索程序使用）。同时还提供了用于LookUp程序以及数据库参考搜索的索引。(3)用查询序列搜索数据库，将找到的条目与查询序列进行对比并产生进化系统树辨识了一组相关序列的用户可能希望对其进行对比并计算对比结果的共有序列。如果可以在对比结果中找到保守模式，用户可能希望在数据库中搜索包含这种模式的其它序列。用户可能还希望在计算出的共有序列搜索已知的蛋白质模式。3．其它工具除STS含量图和放射性杂交图外还有几个方法可用于制作人类物理图谱。克隆图谱使用与STS含量图不同的技术来决定克隆体的接近程度。例如，CEPHYAC图谱法综合利用指纹法（fingerprinting）、间－Alu产物杂交法（inter-Aluproducthybridization）和STS含量图法来制作一张重叠的YAC克隆体图谱。缺失和体细胞杂交图依赖于大型基因组重组（可以人工引进或由实验本身引起），从而将标记物放在由染色体断点所限定的bin?中。FISH图谱使用一个荧光信号来探测克隆体的间期DNA扩散时的杂交情况，从而以细胞遗传学图中一条带的位置定出克隆体的位置。尽管一级数据库，如Entrez和GDB是已发表的图谱的重要来源，但是它们还没有能替代原始数据的东西。有能力制作自己的物理图谱的实验室一般都有自己的网址，连向它们的图谱数据库。通过从这一渠道直接获取资料，我们可以看到制图实验室所使用的图的形式、下载原始数据、并且了解实验室制图时的协议。另外，一些图在出现于Entrez和GDB前经常被丢掉。Entrez和GDB数据库选择的表达方式，对那些希望将新的标记物定位于已知物理图谱上的研究者来说，只提供了最小的帮助。TheWhiteheadIntitute/MITCenterforGenomeResearch是两张基因组范围物理图谱的最初来源。其中一张是STS含量图，内含指定为YAC的10000多个标记物，以及一张含12000个左右标记物的放射性杂交图。Whitehead所用的G4杂交板（Genebridge4radiationhybridpanel）分辨率为～1Mbp，而以YAC为基础作的图分辨率大约为200kbp。这些图已经和Genethon基因图相结合，产生了一张合图，在平均150kb范围内有20000个STSs。Whitehead图上大约有一半的标记物是表达序列，它们在人类转录物图上也会出现。下面的部分介绍如何在Whitehead图上，通过Whitehead网址安置新的STS。从STS设YAC来证明单个STS分配到了某一特定重叠群中，或是从其它方法来证明（比如FISH，体细胞杂交制图，放射性杂交图制图数据）。当设置完成时，按下“提交”键。当数据已被转交或正在制图时，你会得到一个证明，在一小时内结果将会通过Email回执给你。人员使结果组织化。如果STS的染色体分布已知，那么应输入到标有ChromosomeNumber的区域。这个信息会增加制图软件测出一个正确连接的能力。按下Query（查询）键，如果该名称存在于CEPH数据库中，那么含相似信息的页面将会出现。第一部分包括一些关于STS的总体信息，如引物序列和基因图谱信息。第二部分给出STS的YAC搜索数据。该部分列表中的所有YAC通过直接PAC扫描均发现含有该STS，注释Alu-PCRprobe（探针）说明这个YAC在inter-AluPCR杂交实验中被选用为探针。第三部分包含与STS相邻的YAC的信息，它们与STS相隔一个inter-AluPCR的距离。在不同物种、不同进化水平的生物的相关基因之间进行比较分析，是基因研究的重要手段。目前，我们有了越来越多的模式生物全基因组序列数据，因此，基因的比较研究，也必须从基因的比较，上升到对不同进化水平的生物在全基因组水平上的比较研究。这样的研究将更有效地揭示基因在生命系统中的地位和作用，解释整个生命系统的组成和作用方式。尽管一级数据库，如Entrez和GDB是已发表的图谱的重要来源，但是它们还没有能替代原始数据的东西。有能力制作自己的物理图谱的实验室一般都有自己的网址，连向它们的图谱数据库。通过从这一渠道直接获取资料，我们可以看到制图实验室所使用的图的形式、下载原始数据、并且了解实验室制图时的协议。另外，一些图在出现于Entrez和GDB前经常被丢掉。Entrez和GDB数据库选择的表达方式，对那些希望将新的标记物定位于已知物理图谱上的研究者来说，只提供了最小的帮助。TheWhiteheadIntitute/MITCenterforGenomeResearch是两张基因组范围物理图谱的最初来源。其中一张是STS含量图，内含指定为YA