生物信息学软件分类生物信息学软件的意义分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间。提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验。用计算机管理实验数据。生物学软件常用功能（核酸类）DNA序列片断拼接----ContigExpress分析mRNA开放读框限制性酶切位点分析DNA模拟电泳PCR引物设计RNA二级结构分析生物学软件常用功能（蛋白类）蛋白一级结构分析（氨基酸分析）蛋白二级结构分析（结构域分析）蛋白三级结构分析（空间结构分析）生物学软件常用功能（共同类）DNA、蛋白质序列同源分析进化树构建一、DNA序列片断拼接（电子基因克隆）VectorNTI5.2---contigExpress二、分析mRNA开放读框二、分析mRNA开放读框目前应用的蛋白质结构预测的算法Cn3D2.5显示1EQFA链三维结构十一、质粒绘图Winplas2.6质粒构建七、DNA与蛋白质序列同源分析（进化树构建）VectorNTISuitAlignX同源比较—主窗口VectorNTISuit同源比较—进化树八、蛋白质一级结构分析Omiga2.0ORFMap三、限制性酶切位点分析三、限制性酶切位点分析四、DNA模拟电泳VectorNTISuit5.5模拟电泳GeneConstructionKit2.0模拟电泳五、PCR引物设计（杂交探针设计）如：引物长度（primerlength），产物长度（productlength），序列Tm值(meltingtemperature)，ΔG值(internalstability)，引物二聚体及发夹结构（duplexformationandhairpin），错误引发位点（falseprimingsite），引物及产物GC含量（composition），有时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点，引进突变等。引物设计要点引物设计要点引物设计要点关于引物的自动搜索和评价分析OLIGO5.0PCR引物设计六、RNA二级结构预测DNASIS2.5RNA二级结构预测DNASIS2.5tRNA二级结构预测RNAStructure3.5RNA二结构预测Antheprot5.0预测蛋白跨膜区域Antheprot5.0预测信号肽断裂点九、蛋白质二级结构分析DNASIS2.5蛋白二级结构预测DnaStar之Protean对dif14蛋白二级结构预测十、蛋白质空间结构分析一、DNA序列片断拼接（电子基因克隆）八、蛋白质一级结构分析四、DNA模拟电泳如：引物长度（primerlength），产物长度（productlength），序列Tm值(meltingtemperature)，ΔG值(internalstability)，引物二聚体及发夹结构（duplexformationandhairpin），错误引发位点（falseprimingsite），引物及产物GC含量（composition），有时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点，引进突变等。OLIGO5.0PCR引物设计九、蛋白质二级结构分析