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生物信息学的概念:生物信息学软件主要功能功能1.分析和处理实验数据和公共数据,加快研究进度,缩短科研时间Antheprot5.0DotPlot点阵图PeptoolLite---DotPlot点阵图DNASIS2.5RNA二级结构预测DNASIS2.5tRNA二级结构预测RNAStructure3.5RNA二结构预测Omiga2.0ORFMapDNAStar之Protean对氨基酸的亲疏水性分析:helicalwheel图功能2.提示、指导、替代实验操作,利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验Winplas2.6质粒构建Atheprot5.0预测蛋白跨膜区域Antheprot5.0预测信号肽断裂点功能3.用计算机管理实验室数据及文献资料ReferenceManager9界面功能4.用计算机预测新基因及其结构和功能DNASIS2.5对蛋白编码区的预测A.(CodonBias)DNASIS2.5对蛋白编码区的预测B.(RareCodon)DNASIS2.5对蛋白编码区的预测C.(ORFList)DNASTAR之GeneQuest预测CDS功能5.蛋白质高级结构预测DNASIS2.5蛋白二级结构预测目前应用的蛋白质结构预测的算法Cn3D2.5显示1EQFA链三维结构RasMol2.7显示1EQFA链三维结构二.常见的部分生物学软件功能介绍PCR引物设计如:引物长度(primerlength),产物长度(productlength),序列Tm值(meltingtemperature),ΔG值(internalstability),引物二聚体及发夹结构(duplexformationandhairpin),错误引发位点(falseprimingsite),引物及产物GC含量(composition),有时还要对引物进行修饰,如增加限制酶切点,引进突变等。引物设计要点引物设计要点引物设计要点关于引物的自动搜索和评价分析OLIGO5.0PCR引物设计DNA、蛋白质序列同源分析及进化树构建相似性与同源性推荐软件VectorNTISuit同源比较—主窗口VectorNTISuit同源比较—进化树DNA模拟电泳VectorNTISuit5.5模拟电泳GeneConstructionKit2.0模拟电泳重要的生物数据库其他重要数据库网上数据库的运用ENTREZ集成检索示意图四.生物信息学主要服务内容有关蛋白质亲疏水性,等电点,抗原性,跨膜蛋白,信号肽等分析以及DotPlot服务质粒载体构建及克隆策略小型数据库建设及协助实验室进行数据管理维护医学相关的图像、病例统计、分析及小型数据库建设网上数据库应用辅助:包括序列拉长(扩大实验成果),Blastn/Blastp,NCBIEntrez查询(多维查询),新序列、snip等申报蛋白质三维结构初步预测(此为生物信息学目前研发的焦点,正在探索中,结果可能不十分准确或者不能出结果)结束PeptoolLite---DotPlot点阵图Winplas2.6质粒构建Atheprot5.0预测蛋白跨膜区域ReferenceManager9界面功能4.用计算机预测新基因及其结构和功能引物设计要点GeneConstructionKit2.0模拟电泳结束