生命科学分子模拟软件招标书（JDBS10-31）根据985平台建设工作需要，上海交通大学生命科学技术学院需购置生命科学分子模拟软件壹套，现将技术及商务要求列举如下。技术部分设备用途：应用于计算生命科学研究，功能包括序列分析、蛋白受体模建、性质分析、模拟计算如蛋白-蛋白相互作用、蛋白-小分子相互作用、蛋白-核酸相互作用、QSAR、代谢毒理和毒性预测等,集中整合实验数据的保存、管理和专业的模拟建模功能。主要技术参数：2.1★软件必须是国际通用、技术成熟的商用软件，所有功能模块为统一原厂商开发并整合在统一的软件图形界面下使用2.2★软件必须为标准客户端－服务器结构，两端可同时支持Windows和Linux操作系统，所有模块都支持工作流技术2.3★所有模块必须能实现数据共享，同时能够在局域网上浮动运行，为保证全部软硬件系统的安全性、可维护性和保密性，所有模块在运行时只允许使用一个许可证加密文件2.4★软件为永久使用权，首次安装须一次性提供大于80年的许可加密文件2.5★提供五个客户端2.6★提供可视化界面，提供基本的分子结构显示、分子构建、结果分析、Perl编程、任务管理等工具，所有功能以无缝操作链接流程的方式递交作业，可对流程进行编辑、修改，可将外部应用程序整合到整个平台中2.7★提供蛋白质、肽类和核酸结构搭建、修改和分析的工具，可计算静电势分布和溶剂化能以及蛋白氨基酸残基pK值2.8★自动的蛋白同源建模工具★对蛋白质氨基酸侧链和loop区的优化，提高模建结果的合理性★评价蛋白质建模的结果，评价一级结构和三维结构模型是否相容★提供家族序列分析、结构比对、进化踪迹分析的工具★提供生物信息学序列搜索、分析工具★利用蛋白侧链优化、热点对接和配体多构象生成方法，进行诱导契合柔性分子对接★蛋白-蛋白对接工具，快速而准确的预测蛋白-蛋白复合物结果，并可对结果进行聚类分析★可优化DNA、RNA、糖类、脂质、蛋白、多肽及小分子模型的高级力场参数能够分析和显示蛋白质、蛋白质与配体复合物的分子动力学轨迹文件提供对X射线晶体学实验数据岛结构构建和精修的全套工具和工作流程利用快速、灵活的分子对接进行药物虚拟筛选蛋白受体-配体间的相互作用评估模块，包括LigScore1,LigScore2,PiecewiseLinearPotential(PLP),PLP1andPLP2,PotentialofMeanForce(PMF)等通用打分函数将柔性配体快速对接到受体相互作用热区基于蛋白受体结构的全新配体设计工具基于蛋白受体对配体已有母核进行侧基改造基于片段的化合物（如酶的底物）设计工具基于Polling或CAESAR算法快速生成化合物多构象模型定量构效关系研究工具，计算分子拓扑描述符、分子指纹等基本性质，提供Bayesian模型、多元线形回归、最小二乘法，遗传算法，神经网络以及半经验量子力学程序VAMP描述符等多种工具虚拟组合库的设计和选择工具提供化学结构预测吸收、分布、代谢、排泄（ADME）和毒理性质的计算模型，至少包括血浆蛋白结合、肝毒性、人细胞色素P4502D6酶结合、被动的肠内吸收性、血脑屏障穿透性、25℃下的水溶性六个模型化合物毒理性质预测工具，包括“最佳预测空间”评估验证技术提供分子力学和动力学模拟工具，通过可视化界面或者命令行两种方式提交并完成计算任务，可进行两个CPU的并行计算来自于从头算和实验数据的第二类力场，可用于准确处理构象能和非键相互作用密度泛函量子力学计算工具，可对分子体系进行优化和精确的单点能计算可进行QM/MM计算，评价受体-配体结合能，用于氢键相互作用，Cation-Pi相互作用，Pi-Pi相互作用，电荷转移，含金属配体与蛋白的相互作用计算注：星号标记★为必须满足项，如不满足将导致废标技术服务：安装：软件交货后，得到客户方通知一周内，投标方专家负责在客户实验室免费安装、调试。培训：在安装调试完毕后，投标方专家为客户提供两个工作日的软件现场使用初级培训，内容包括软件所涉及的基本原理、软件核心模块及用户购买模块的基本使用方法、上机实际操作指导，以及对用户当前进行的课题所涉及软件的应用进行初步的建议和讨论。培训后进行最终验收，合格后双方签署验收报告。售后服务：投标方应具备可靠的技术支持实力，客户的技术支持请求在48小时内通过电话、电子邮件或传真的方式予以回复和解答。设备验收合格后，提供为期两年的免费技术支持服务。二、商务部分报价方式：C&F国际通用货币交货期：要求签订合同后2个月内明确产品原产地付款方式：100%L/C，90%即期，10%验收合格后支付。如果实质性响应招标文件的所有投标商的投标价格均超过上海交通大学本项目预算