【引用】对于研究生有用的一些生物信息学知识（转载）HYPERLINK"http://liufengsong.blog.163.com/blog/"\l"m=0&t=1&c=fks_084067083087085068082095087095087087084064084085080070"\o"Bioinformatics"Bioinformatics2011-01-1111:39:58阅读47评论0字号：大中小订阅本文引用自人生若只如初见HYPERLINK"http://blog.163.com/lixuenan200806@126/blog/static/3690780720110119859451"\t"_blank"《【引用】对于研究生有用的一些生物信息学知识（转载）》和大家分享这篇日志，我的看法是：原文地址：HYPERLINK"http://blog.163.com/lixuenan200806@126/blog/static/3690780720110119859451"\o"【引用】对于研究生有用的一些生物信息学知识（转载）"\t"_blank"【引用】对于研究生有用的一些生物信息学知原文作者：HYPERLINK"http://blog.163.com/lixuenan200806@126/"\o"人生若只如初见"\t"_blank"人生若只如初见和大家分享这篇日志，我的看法是：原文地址：HYPERLINK"http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/186991542011010104631630"\o"对于研究生有用的一些生物信息学知识（转载）"\t"_blank"对于研究生有用的一些生物信息学知识（转载原文作者：HYPERLINK"http://fhqdddddd.blog.163.com/"\o"fhqdddddd"\t"_blank"fhqdddddd还有几个月快毕业离校了，写完硕士论文翻翻电脑中的资料，感觉可能对一些同学有用，我把一些自己曾经用过的东西整理了一下，希望对读研期间的同学能多少有些帮助，有些东西我可能写的不是很详细，另有一些电子书，附件上传以下软件内容多用于批量处理核酸或蛋白的序列，少量的完全没有必要这么麻烦。1.Blast程序本地化使用的方法（转）Blast程序的下载地址:HYPERLINK"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/blast-2.2.9-ia32-win32.exe"\t"_blank"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/blast-2.2.9-ia32-win32.exe数据库的下载HYPERLINK"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/"\t"_blank"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/其中nr.gz为非冗余的数据库，nt.gz为核酸数据库month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。下载完后，blast-2.2.9-ia32-win32.exe为自解压文件，双击运行后，在当前目录中会释放许多程序。下载的month.nt.gz先用winrar解压缩。得到month.nt然后使用formatdb.exe对数据库进行格式化。在MS-DOS环境下，输入formatdb.exe-imonth.nt-pF-oT-iinputfile参数用于指定需要格式的数据库-ptypeoffile用于指定文件类型，T为蛋白质，F为核酸，默认为T-oparseoptions用于指定是否解析序列ID并创建索引T为创建，F为不创建，默认为F。接着就是blastall.exe的使用先找到要对比的序列，这里是从程序包使用说明中拿来的一段FASTA格式的序列作为测试序列。>TestAGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAA将此段序列保存为test.txt置于程序目录下。然后在DOS窗口下，使用blastall-pblastn-dmonth.nt-itest.txt-oout.txt-pprogramname为需要使用的程序名blastn为核酸序列对比搜索blastp为蛋白质序列对比搜索blastx为用被翻译