构建长非编码RNa-蛋白编码基因二元网络预测长非编码RNA功能的任务书一、任务背景非编码RNA（non-codingRNA，ncRNA）是指不参与编码蛋白质的RNA分子，其长度范围大多在200个核苷酸以上。与编码蛋白质的mRNA相比，ncRNA的表达量普遍较低、功能多样化，且存在多种形态，如长非编码RNA（lncRNA）、微小RNA（miRNA）、siRNA等。随着基因组学和转录组学技术的发展，越来越多的ncRNA被鉴定和描述，其多样化的功能与人类疾病的关联也日益受到关注。因此，对ncRNA的功能进行深入的研究和理解具有重要的科研意义和应用价值。长非编码RNA是一种长度在200个核苷酸及以上、在不编码蛋白质的同时具有调节特定基因表达、介导特定生物学过程等多种生物学功能的类别。长非编码RNA对于某些疾病的发生、发展起到了重要的作用。如干细胞分化及免疫细胞功能的调控、肿瘤的发生与进展等。因此对于长非编码RNA的功能和机制的深入探究，具有重要的理论和应用价值。二、任务描述本任务旨在构建长非编码RNA-蛋白编码基因二元网络，以预测长非编码RNA的功能和调控机制。具体任务如下：1.构建长非编码RNA-蛋白编码基因二元网络。可利用多种已有的ncRNA数据库和蛋白质编码基因数据库，通过生物信息学方法构建该二元网络。2.分析网络的拓扑结构、节点特征和相互作用关系，以探究长非编码RNA的功能和调控机制。可采用图论分析方法、网络聚类方法、机器学习方法等分析手段。3.筛选出具有生物学意义的关键节点、互作模式和生物学通路，以揭示长非编码RNA在细胞调控和疾病发生中的作用和机制。4.开发可视化工具，展示长非编码RNA-蛋白编码基因二元网络的拓扑结构、节点特征和相互作用关系，以更加直观地呈现长非编码RNA的功能和作用。三、任务成果1.构建长非编码RNA-蛋白编码基因二元网络。网络应包括至少两个已知数据库的信息，具体网络结构应能够反映不同长非编码RNA和蛋白编码基因之间的拓扑关系和相互作用关系。2.分析网络的拓扑结构和特点，挖掘出具有生物学意义的节点、互作模式和通路，以揭示长非编码RNA的功能和调控机制。3.利用可视化工具，展示二元网络的拓扑结构和特征，以便更好地理解长非编码RNA的调控机制和功能。四、任务时间本任务需完成时间为两个月，具体时间可根据实际情况进行调整。五、任务经费本任务预算经费为150万元，包括实验室设备、人员工资、材料费等。六、任务团队本任务需要一支由生物大数据分析、生物信息学、计算机科学等多学科专业人员组成的任务团队，成员人数为4~6人，团队成员应具有丰富的生物信息学及生物数据分析经验，以及良好的团队协作能力和创新能力。七、任务评估任务成果的评估将分为定量评估和定性评估两个方面。定量评估主要采用指标体系评估方法，对任务成果的实现情况和达成程度进行量化评估。定性评估主要基于专家评审，对任务成果的科学质量、工作创新性和实际应用价值等方面进行综合评价。