taqman法SNP基因分型引物设计及Primerexpressss教程.pptx
上传人:骑着****猪猪 上传时间:2024-09-15 格式:PPTX 页数:10 大小:1.1MB 金币:20 举报 版权申诉
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会计学内容目录扩增产物控制在50-150bp,以便获得最大扩增效率。探针长度设计在13-25bp,且位置不与上下游引物重叠。探针Tm值控制在65-67度,GC含量在30-80%。探针5'端避免G,以免淬灭荧光基团.两条探针的Tm值相差不要超过1℃SNP位置应在探针的1/3-2/3处(5’-3’),必要时,可以移向3’端,但不可以放在最后两个碱基的位置上。primerexpress软件设计SNP引物教程-以rs2243106为例(2)因此,可以通过点击SNP号,进入SNP位点的详细信息页面中(左图),点击”FASTA”小标签(红圈),获得SNP位点上下游序列信息。注意,SNP位点以兼并碱基的形式给出,即Y代表了C/T。(右图绿色字母)。将其全部复制下来。2.打开PrimerExpress软件,点击新建图标①,在type中选择taqmanMGBAlleicDiscrimination②,点击OK3.之后,上图中黑色区域会变为白色活动工作页面;将在NCBI中复制的FASTA格式的序列全部粘贴进去。4.人工指定SNP。选中上图中的Y,将其改为C①;再选中改好的C,此时,菜单栏中的图标②会亮起,点击图标后,软件会要求使用者根据多态性选择另一个碱基③,本例中其多态性为T;点击T后,选中的字母C会再次变回Y。此时,完成了指定SNP位点。5.完成指定SNP位点后,会变回字母Y(红底),也就是指定SNP位点成功了。此时,就可以点击“绿色播放”按钮①,软件就会自动设计上下游引物和探针。6.软件完成设计后,会生成下图结果报告。在candidateprimers&probes中,可以方便的选择引物对,选定之后,可以点击sequence标签,查看所在的位置,或者点击order标签内底部的export,可以方便的输出,以便复制粘贴,用于合成引物。