蛋白质组学的发展双向凝胶电泳基质辅助的激光解吸电离技术（MALDI）的发展在Maldi发明之前，蛋白质分子由于其较高的分子量实际上被排除在质谱分析之外，而且使用传统的技术也难以对蛋白质进行研究。早期的激光解吸附质谱分析，将研究局限在相对分子量大约为5000～10000的范围内，这个限制就排除了对大多数蛋白质的研究，因为大多数的蛋白质分子在电离过程中容易散射而分解掉。Maldi使得对生物大分子的电离成为了可能。这是因为Maldi可以使不具挥发性的生物样品汽化、电离，直接进入气态。要分析的样品和基质——通常是丙三醇和钴粉混合在一起。这种基质可以吸收来自氮气激光的337nm波长的紫外激光并将其转化为热能，同时一小部分基质包括最上表面的分析物被迅速加热，从样品中气化。由于基质吸收了大多数的瞬时激光的能量，分子量高达1000000道尔顿的分子也能被成功地分解。Madil和Tof质量分析器的联用ESI-MS的特点串联质谱通常,样本蛋白质先由胰蛋白酶酶解成肽段,形成多肽混合物。此混合物送入多维高压液相色谱仪及串联质谱仪,在一级质谱中进行肽段离子化,被选离子(母离子)经碰撞诱导解离(collisioninduceddissociation,CID)在二级质谱中产生串联质谱。应用实例ICAT技术当不同状态的细胞被裂解后，分别加入不同标记的ICAT与总蛋白质反应。ICAT的反应基团会专一与蛋白质中的Cys共价结合，待充分反应后，将二者等量混合，再用胰蛋白酶酶解，HPLC分离，就可对含生物素ICAT酶解片段进行串联质谱分析。当不同状态的细胞被裂解后，分别加入不同标记的ICAT与总蛋白质反应。ICAT的反应基团会专一与蛋白质中的Cys共价结合，待充分反应后，将二者等量混合，再用胰蛋白酶酶解，HPLC分离，就可对含生物素ICAT酶解片段进行串联质谱分析。一对ICAT标记来源不同细胞状态下的相同肽段总是一前一后相邻分布在质谱图上，且分子量正好相差8。通过MS／MS鉴定出该片段属于何种蛋白质后，计算二者峰值的差异，就可知这种蛋白质在二种细胞状态下表达的情况。ICAT的优点基于整体蛋白的质谱差异分析蛋白质芯片