试验十真核细胞基因组提取.ppt
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一、实验目的及背景而研究的起点就是要获得纯度高--不含蛋白质、糖类、酚、氯仿等污染;得率好--以便有足够量用于分析;基因组相对完整--以便用于以后PCR(链式酶聚合反应)分析,RFLP(限制性片段长度)分析,基因文库的构建,基因探测等的研究。基因组DNA的获得是进行基因结构和功能研究的重要步骤,基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP—restrictionfragmentlengthpolymorphism)及PCR分离基因等。二、DNA提取的几种方法真核生物基因组DNA为双链线性分子,存在于细胞核内。基因组DNA的提取过程包括:DNA的释放(破膜)、DNA与蛋白质的分离、DNA的沉淀等过程。分离纯化核酸的总原则:1.保证核酸一级结构的完整性;2.排除其它分子的污染,如:(1)对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子;(2)生物大分子,如蛋白质、多糖和脂质;(3)其它核酸分子,如RNA。DNA提取流程图三、材料注意:最好使用新鲜材料,低温保存的样品材料不要反复冻融提取血液基因组DNA时,要选择有核细胞(白细胞)材料应适量,过多会影响裂解,导致DNA量少,纯度低四、细胞裂解的方法一、化学方法1、渗透压冲击:低渗环境可使某些细胞破碎2、增溶法:以表面活性剂增加细胞膜的水溶性。3、碱裂解法二、物理方法玻璃珠法、超声波法、研磨法、冻融法三、生物方法酶解法:溶菌酶可用于细菌的破碎注:根据不同的实验要求选取不同的细胞破碎方式,应当保证要提取的物质不受损伤SDS,十二烷基硫酸钠,是一种阴离子去垢剂,在高温(55~65℃)条件下能裂解细胞,使染色体离析,蛋白变性,释放出核酸;注意:针对不同材料,选择适当的裂解预处理方式:植物材料--液氮研磨动物组织--匀浆或液氮研磨组培细胞/血液--蛋白酶K细菌--溶菌酶破壁酵母--破壁酶或玻璃珠五、分离及纯化的常用方式注意:针对不同材料的特点,在提取过程中辅以相应的去杂质的方法1、蛋白质的去除:酚/氯仿抽提使用变性剂变性(SDS、异硫氰酸胍等)高盐洗涤蛋白酶处理a.SDS及蛋白酶K可有效的使DNA与蛋白质解离。b.盐析:中性盐对蛋白质的溶解度有显著影响,一般在低盐浓度下随着盐浓度升高,蛋白质的溶解度增加,此称盐溶;当盐浓度继续升高时,蛋白质的溶解度不同程度下降并先后析出,这种现象称盐析。中和蛋白质分子所带电荷破坏蛋白质分子周围的水化膜六、真核细胞基因组提取的步骤:多糖的去除:高盐法:用乙醇沉淀时,在待沉淀溶液中加入1/2体积的5MNaCl,高盐可溶解多糖。用多糖水解酶将多糖降解。在提取缓冲液中加一定量的氯苯(1/2体积),氯苯可以与多糖的羟基作用,从而去除多糖。用PEG8000代替乙醇沉淀DNA:在500μLDNA液中加入200μl20%PEG8000(含1.2MNaCl),冰浴20min。盐离子的去除:70%的乙醇洗涤DNA的沉淀:注意:当沉淀时间有限时,用预冷的乙醇或异丙醇沉淀,沉淀会更充分沉淀时加入饱和NaCL,有利于充分沉淀沉淀后应用70%的乙醇洗涤,以除去盐离子等晾干DNA,让乙醇充分挥发(不要过分干燥)若长期储存建议使用TE缓冲液溶解TE中的EDTA能螯和Mg2+或Mn2+离子,抑制DNasepH值为8.0,可防止DNA发生酸解DNA的定量DNA纯品的OD260/OD280为1.8,故根据OD260/OD280的值可以估计DNA的纯度。若比值较高说明含有RNA,比值较低说明有残余蛋白质存在。OD230/OD260的比值应在0.4-0.5之间,若比值较高说明有残余的盐存在。DNA碱基对的平均分子量=650道尔顿A260unitdsDNA=50µg/ml=0.15mM(innucleotides)A260unitssDNA=33µg/ml=0.10mM(innucleotides)A260unitssRNA=40µg/ml=0.11mM(innucleotides)七、注意事项八、本实验的操作过程5、于离心管中加入80μl饱和(≈6mol/L)氯化钠溶液(终浓度为1.2mol/L),混匀。5,000rpm离心10分钟。(沉淀蛋白质)6、小心吸取上清液约240μl转移至另一洁净的1.5mlEppendorf离心管中。加入750μl95%的冷乙醇(终浓度为71%),-20℃放置30min。离心1,1000rpm×10分钟,最好在4℃。(沉淀DNA)7、小心吸去上清,加入1.0ml75%的冷乙醇,洗涤沉淀,离心1,1000rpm×5分钟。(脱盐)8、弃去上清,置37℃温箱中干燥,以去除残余的乙醇。9、将干燥后的DNA溶于50μl