"螺旋课堂"2008年第十一课----"基因启动子分析基本流程""螺旋课堂"2008年第十一课----"基因启动子分析基本流程"螺旋亲爱的螺友们好,大家好!欢迎光临螺旋讲堂,很高兴有机会和大家相聚螺旋网,让我们一同在讨论中学习,在交流中成长!分子生物学发展迅猛,新方法新技术新发现层出不穷,但是我想,我们的基础研究从某种意义上来说,可以简单的分为两大部分,一个是基因的表达,另一个是基因的功能.当然,这个基因的概念现在已经不仅仅是指编码蛋白的DNA序列了.我们这期主要探讨基因的表达.而转录调控在基因表达中占有很重要的地位.基因的转录调控机制非常复杂,这些理论有机会我们再详细探讨,这里就不多介绍了,我们主要谈一下对于一个新的基因,如何开始他的转录调控研究,第一步到底该怎么做呢?这里提供一些简单的入门级别的方法,希望对大家有用.相信还有更多更好更实用的方法,也希望螺友们能够拿出来和大家分享,共同进?本次讲座共分为五个部分主要是讲第一部分,因为这个一般的文献和书籍都很少有详细说明.一:克隆目的基因基本启动子序列我们都知道,基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游,当一个基因在没有确定其转录起始位点的时候,我们假定NCBI上提交的序列就是他的完整转录本,那么他的第一个碱基就是他的转录起始位点.而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游2000bp左右和下游200bp左右,当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的基因都是有几个转录起始位点的.我们通过该基因mRNA序列和基因组序列BLAST,就能够在染色体上找到这段基因组序列.我这里用human的AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下.http://www.helixnet.cn"螺旋课堂"2008年第十一课----"基因启动子分析基本流程"1首先需要在NCBI里面查找到AGGF1基因的mRNA序列,这个我想大家都应该很清楚,如下图.http://www.helixnet.cn"螺旋课堂"2008年第十一课----"基因启动子分析基本流程"2然后就是用这段mRNA序列和人类的基因组序列BLAST3BLAST得到了很多结果,我们往往选择最上面那个最匹配的结果.http://www.helixnet.cn"螺旋课堂"2008年第十一课----"基因启动子分析基本流程"4点击之后就可以看到下图,这个基因的14个外显子和13个内含子在5号染色体上的位置一目了然,第一个外显子在上面,说明这个基因在染色体上是正向的,基本启动子就应该在第一外显子上面,我用红色的方框标明了.http://www.helixnet.cn"螺旋课堂"2008年第十一课----"基因启动子分析基本流程"5大家有没有注意到左上方有个数据框,我把数值改为76,360K到76,362.200,刚好2200BP,包括了第一个外显子的前200BP左右.然后点击红色框标明的Download/viewsequence.6然后就到了这个界面,SequenceFormat选择GenBank,然后点击Display.就得到我们所需要的序列了.http://www.helixnet.cn"螺旋课堂"2008年第十一课----"基因启动子分析基本流程"7这里我们可以看到1989到2201是AGGF1的mRNA序列,说明我们的确找到了该基因5'非翻译区的上游启动子序列.建议将这2200bp都克隆下来..http://www.helixnet.cn"螺旋课堂"2008年第十一课----"基因启动子分析基本流程"以上的步骤就是基因基本启动子的查找,其实还有很多调控序列是在基因内含子区域或者是基因的3'非翻译区等,序列查找的步骤和上面是一样的.http://www.helixnet.cn"螺旋课堂"2008年第十一课----"基因启动子分析基本流程"8还有一个方法更加简单,那就是用AGGF1的前60bp序列和nucleotide数据库BLAST,可以得到该序列在染色体上的位置,需要注意的是,如果是反向的序列的话,我们就要选择反向互补的序列.相信大家在使用的过程中会有更多的发现.http://www.helixnet.cn"螺旋