前段时间在丁香园上查找关于启动子分析的文章，帖子很多，但感觉介绍得都不够详细，而且时间比较久远，对于新手来说不是很明白和清楚，小弟在此借花献佛，在各位前辈大能的基础上略加总结，希望对需要的人有所帮助。不当之处也请各位指正！注意事项：如果你想问有没有什么捷径，能够既保证查找目的基因启动子区域快速、准确、而又简洁方便明了的话，请看本帖最后一页不过看完请记得顶哦！对于要分析的基因，我们需要搞清楚它的一些基本信息，第一步借助NCBI上的Genbank查找目的基因5端上游序列，在此以SEPT4/ARTS基因为例。首先我们进入Genbank界面（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/）searchSEPT4/ARTS0搜索结果中第一个就是我们要的Homosapiens目的基因，可以自己根据研究内容进行选择0点击进入就可以看到该基因非常详细的信息：可以找到该基因在染色体上的定位Location:17q22近几年相关的研究文章RelatedarticlesinPubMed及它编码的四个mRNA和蛋白质我们要找的是相应的DNA序列，点击下图中的Genbank0找到相应的mRNAjoin(8737..8858,13841..14137,14506..14599,15038..15124.....)及CDSjoin(8856..8858,13841..14137,14506..14599,15038..15124,...)在下面对应的DNA序列中就可找到起始密码子ATG0为了不遗漏启动子序列选择ATG上游3000bp和下游1000bp的序列进行分析，也可以根据自己的情况决定。后面将用UCSC和DBTSS查找相应目的基因片段4票投票puddyleeeditedon2012-04-1922:20举报????深圳市艾瑞生物科技有限公司招聘药物合成技术员【原创】使用UCSC查找一个基因的启动子序列（终）【原创】我的启动子分析方法回复：【原创】我的启动子分析方法puddylee2012-03-0614:51消息引用收藏分享分享到哪里？???1复制网址新浪微博腾讯微博开心网豆瓣社区人人网????积分?7接下来是UCSC(http://genome.ucsc.edu/)0得票?13粉丝目的基因的定位，点击Genomes,输入目的基因后点击submit0加关注点击Tables,进入下图0点击getoutput跳出对话框中点击submit点击进入结果如下图0对应相应的序列发现，搜索的结果和NCBI给出的是完全一致的1票投票puddyleeeditedon2012-03-0615:29举报??【求助】应届科研型硕士报考专业学位博士，2013年哪个学校招收啊puddylee2012-03-0615:15消息引用收藏分享分享到哪里？???1复制网址新浪微博腾讯微博开心网豆瓣社区???积分?7?人人网得票对于DBTSS（http://dbtss.hgc.jp/）由于个人情感因素（***小日本），用的不是很多，下面简单介绍?13粉丝加关注结果0结果中给出了TSS位点，启动子序列中可能含有CPG岛，至此第一步寻找目的基因片段的任务圆满完成。在第二部中将会用到FIRSTEF/PromoterInspector/promoterscan/NeuralNetworkPromoterPrediction/softberry等软件对目的基因片段进行启动子分析；用CPGPlot、CPGFinder对目的基因可能含有的CPG岛进行分析；TFSearch/TESS/SOftberry等对可能含有的转录因子进行分析.0票投票举报?肿瘤医学转录组深度测序分析服务konigalle2012-04-0222:35消息引用收藏分享分享到哪里？?复制网址?????0新浪微博腾讯微博开心网豆瓣社区人人网?积分非常好的分析，谢谢！0票?0投票得票?0举报粉丝?上海复旦大学联合基因健康中心招聘研发员加关注puddylee2012-04-1921:41消息引用收藏分享分享到哪里？???1复制网址新浪微博腾讯微博开心网豆瓣社区人人网????积分?7经过本道友的积极探索，又发现了一种寻找启动子的新方法，壬厦娼樯艿母又苯樱?单，而且准确率那是相当之高啊，无论你想找什么基因的启动子，这里统统都可以实现。得在这里