研究生PCR学习教案.pptx
上传人:王子****青蛙 上传时间:2024-09-13 格式:PPTX 页数:82 大小:6.1MB 金币:10 举报 版权申诉
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会计学1953年,Watson和Crick提出DNA双螺旋结构及半保留复制模型。1958年,Meselson和Stahl用实验证实(zhèngshí)DNA半保留复制模型。70年代以来,人们采用两种思路去尝试建立基因的无性繁殖体系,一是基因克隆技术,二是体外扩增技术。1971年,Khorana(美国MIT教授,1968年诺贝尔医学奖得主):“经过DNA变性,与合适引物杂交,用DNA聚合酶延伸引物,并不断重复该过程便可克隆tRNA基因(jīyīn)。”核酸体外扩增最早设想被遗忘原因:(1)很难进行测序和合成寡核苷酸引物;(2)1970年Smith等发现了II型限制性内切酶,体外克隆基因(jīyīn)已成为可能。1976年,台籍科学家钱嘉韵(AliceChien)从黄石国家公园的嗜热菌Thermusaquaticus中分离出热稳定(wěndìng)的TaqDNA聚合酶。1985年,美国Cetus公司人类遗传研究室的Mullis发明聚合酶链反应(PolymeraseChainReaction,PCR),Saiki等首次应用PCR法成功地扩增了人-珠蛋白的DNA,并应用于镰刀状红细胞贫血的产前诊断。1988年Saiki开始将耐热性TaqDNA聚合酶应用(yìngyòng)于PCR,整个反应只加一次酶即可,扩增特异性和效率都明显改善,操作大为简化。1989年被誉为“分子年”,列PCR为十余项发明之首。1993年,Mullis荣获诺贝尔化学奖。/高温(gāowēn)变性低温(dīwēn)退火中温延伸(yánshēn)/////////PCR每一步的转换通过温度的改变控制。DNA模板解链(变性)、引物与模板结合(退火)、DNA聚合酶催化新生DNA的合成(延伸(yánshēn))三个步骤构成PCR反应的一个循环。此循环反复进行,可使目的DNA得以迅速扩增。理论扩增率:2n递增(n为循环次数),25~30循环,目标DNA可增加109倍。实际(shíjì)扩增率:(1+X)n,X为PCR的实际(shíjì)扩增率,平均约为75%。由于引物和底物的消耗,酶活力的下降等因素,扩增产物的增加,逐渐由指数形式变为线性形式,所以实际(shíjì)上进行30个循环后,扩增倍数一般可达106~107。以上“变性、退火、延伸”三部曲为PCR一轮循环。PCR扩增曲线(qūxiàn)一、PCR的反应(fǎnyìng)体系1、引物基本原则是最大限度地提高扩增效率和特异性,同时(tóngshí)尽可能抑制非特异性扩增。①引物长度:15-30bp,常用(chánɡyònɡ)20bp左右—引物的有效长度不能大于38bp,否则最适延伸温度会超过TaqDNA聚合酶的最适温度(74℃),不能保证PCR扩增产物的特异性②引物扩增跨度:以500bp为宜—特定条件下可扩增长至10kb的片段③引物碱基:G+C含量以40-60%为宜—G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带—ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列,尤其3′端不应超过3个连续的G或C,因为这样会使引物在G+C富集区引发错误延伸(yánshēn)④避免引物内部出现二级结构和引物间互补—特别避免3’端的互补,否则会形成引物二聚体,产生非特异性的扩增条带/⑤引物3’端的碱基要求严格配对(不能做任何修饰(xiūshì))—特别是最末及倒数第二个碱基,以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败⑥引物5′端可修饰(xiūshì)—引物5′端限定着PCR产物的长度,但对扩增特异性影响不大;引物5′端碱基可不与模板DNA互补而呈游离状态;引物5′端最多可加10个碱基而对PCR反应无影响⑦引物的特异性:—引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性⑧引物量:—每条引物的浓度0.1~0.5μM,以最低引物量产生所需要(xūyào)的结果为好—引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增,且可增加引物之间形成二聚体的机会实例:设计(shèjì)人类GAPDH基因mRNA的引物/////////我们设计的引物,是根据GAPDH的mRNA序列设计的,理论扩增长度是318bp,但它却在人类基因组上扩增出了两个片段;第一个片段来自12号染色体的扩增,长度为2409bp;第二个片段来自X染色体的扩增,片段长度是318bp。那么,那个(nàge)扩增片段才是正确的呢?我们设计的这一对引物可否用于扩增人类GAPDH基因片段呢?//12号染色体扩增出的序列是真正的GAPDH基因。在下面的序列比对中,我们可以发现(fāxiàn),X染色体上被扩增出的序列实际上是GAPDH的加工的假基因(processedpseudogene)。因此,如果我们能保证作为模板的cDNA不