配体和受体的分子对接实验软件的下载：ADT(autoducktools)主界面：1.准备对接文件1.准备大分子3.准备柔性残基文件分子对接计算（运行AutoDock4）对接结果分析（Analysis）以ind：2.0rms为例，点击柱状图中最左边条带（纵坐标为2包含两个分子构象），分子构象载入分子显示窗口，同时出现ind对话框，通过点击左/右键可以很方便的切换这两个分子显示此日志文件中包含10个对接结果的分子构象以及数据单击柱状图上相应的条带，分子显示窗口中将显示相应的分子构象，ADT默认只对tolerance（RMS值公差）2.0进行一次聚类。图中横坐标为结合能（Energy），纵坐标为分子构象数量（各条带构象数量总合为10）。