中国科大院系代号系名：少年班（000-8）教改试点班（000-6）创新试点班（000-3）数学系（001）物理系（002）化学物理系（003）近代物理系（004)力学和机械工程系（005）电子工程与信息科学系（006）地球与空间科学系（007）分子生物学与细胞生物学系（008）精密机械与精密仪器系（009）自动化系（010）计算机科学技术系（011）热科学和能源工程系（013）材料科学与工程系（014）信息管理与决策科学系（015）管理科学系（016）统计与金融系（017）外语系（018）化学系（019）高分子科学与工程系（020）神经生物学与生物物理学系（021）天文与应用物理系（022）电子科学与技术系（023）科技史与科技考古系（024）科技传播与科技政策系（025）安全科学与工程系（030）系统生物学系（031）医药生物技术系（032）光学与光学工程系（038）学院代号：物理学院（203）（002,004,022,038）管理学院（204）（015,016,017）化学与材料科学学院（206）（003,014,019,020）生命科学学院（207）（008,021,031,032）地球和空间科学学院（208）（007）工程科学学院（209）（005,009,013,030）信息科学技术学院（210）（006,010,023，218专业）人文与社会科学学院（211）（018,024,025）核科学技术学院（214）计算机学院（215）（011）软件学院（225）国家同步辐射实验室（231）合肥微尺度物质国家实验室（234）应用化学系(12系)自动化系(10系)化学系(19系)化学物理系(3系)化学与材料科学学院计算机科学技术系(11系)天文与应用物理系(22系)电子科学与技术系(23系)院系风采科技史与科技考古系(24系)电子工程与信息科学系(6系)地球与空间科学系(7系)外语系(18系)科大附中信息管理与决策科学系(15系)信息安全专业科大华为信息所生命科学学院(8系,21系)管理学院数学系(1系)工商管理硕士近代力学系(5系)近代物理系(4系)管理科学系(16系)材料科学与工程系(14系)国家同步辐射实验室物理系(2系)体教精密机械与精密仪器系(9系)高分子科学与工程系(20系)少年班/零零班(0系)信息科学技术学院火灾科学国家重点实验室核科学技术学院结构分析开放实验室软件学院统计与金融系(17系)科技传播与科技政策系(25系)苏州研究院热科学和能源工程系(13系)