全球甲型流感病毒H5A1序列的分子进化研究_cropped（常用版）(可以直接使用，可编辑完整版资料，欢迎下载）全球甲型流感病毒H5A1序列的分子进化研究张文彤1△姜庆五2(1复旦大学公共卫生学院卫生统计与社会医学教研室,2流行病学教研室上海200032)【摘要】目的应用生物信息学数据库和工具,对现有的H5亚型甲型流感病毒全球分离株的H5A1抗原序列进化规律进行研究。方法下载NCBIGenbank和美国洛斯阿莫斯国家实验室流感病毒数据库中全部的甲型流感病毒H5A1序列,采用快速极大似然法绘制进化树,并用SRDT模型估计各分枝的进化速度与出现时间。结果H5A1序列的进化树可被分为两个各自独立进化的世系:美洲世系和欧/亚世系,它们在地域分布、序列位点等方面区别明显,且可被进一步细分为几大进化枝,野生禽类分枝和家禽株系分枝的进化速度存在明显差异,所有的人及其他哺乳动物感染株系则均来自于欧/亚世系的亚洲禽/人分枝。结论H5A1序列在野生禽类中已达到相对稳定的状态,其自然变异速度为(1.990～2.535)×10-3/位点/年,而家禽中的高毒力变异株进化速度明显加快。目前威胁人类的主要是1996年之后出现的亚洲变异株,且进化树结构提示该株系出现过多次禽/人跨宿主传播事件,值得对其位点特征进行深入研究。【关键词】甲型流感病毒;血凝素;H5亚型;进化树;进化速度【中图分类号】R373.1+3【文献标识码】APhylogeneticanalysisforH5A1strainofallinfluenzaAvirusZHANGWen2tong1△,JIANGQing2wu2(1DepartmentofHealthStatisticandSocialMedicine,2DepartmentofEpidemiology,SchoolofPublicHealth,FudanUniversity,Shanghai200032,China)【Abstract】PurposeH5influenzavirusremainsapotentialthreatentohumanhealth.Analysisoftheaccumulatedstraindataprovidesanewwaytounderstanditsevolutiontendency.Withthehelpoflat2estdevelopedbioinformaticstools,allavailableInfluenzaH5A1strainswereexploredtodeeplyunder2AllH5A1sequenceinNCBIgenbankandinfluenzase2standtheirevolutiontendency.Methodsquencedatabaseweredownloadedandaligned,thenfastmaximizinglikelihoodmethodwasappliedtoconstructphylogenetictree,andSRDTmodelwasusedtoestimateevolutionrateandancestraldatefortreebranches.ResultsTreetopologyindicatedthatH5A1strainsevolvedalongtwoindependentlineages:AmericanlineageandEuropean/Asianlineage.Thesetwolineages,withdistinctivediffer2enceoverplaceandsitevariation,couldbefurthersplitintoseveralbranches.Evolutionspeedforavi2anbranchesandpoultrybrancheswerequitedifferent.AllhumaninfectedstrainswerebelongingtoA2sianpoultry/humanlineage.ConclusionsWhilemuchhigherinpoultry,H5A1strainshavereachedastablestatusindifferentsublineagesofwideavian,therateamongwildavianwas(1.990-2.535)×10-3nucleotidesubstitutionpersiteperyear.ThemainpotentialthreattohumanisAsianhighviru2lencevariationstrains.Sinc