进化系统树推定.ppt
上传人:天马****23 上传时间:2024-09-10 格式:PPT 页数:25 大小:1.2MB 金币:10 举报 版权申诉
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講義予定進化系統樹推定進化系統樹有根系統樹と無根系統樹系統樹の同型性系統樹の個数系統樹の個数(例)距離行列法アルゴリズム各配列のみからなるクラスタを作成クラスタが2個になるまで以下を繰り返すクラスタ間距離が最小のクラスタどうしを併合新しくできたクラスタと他のクラスタ間の距離を計算クラスタ間距離距離の性質UPGMA法(例1)分子時計近隣結合法(1)近隣結合法(2)アウトグループ最節約法(1)最節約法(2)最節約法(3)進化の確率モデルJukes-Cantor行列(1)Jukes-Cantor行列(2)TATAT(=x)がt時間後にTTAAA(=y)に置換する確率はより系統樹の尤度(確率)配列s1,…,snに対し、尤度最大の系統樹のトポロジーTと、枝長tiを計算ただし、p(i)はiの親節点この計算は難しく、様々な手法が提案されている1塩基あたりの尤度配列全体の尤度CGのみからなる配列n1個は同じでn2個は変化(この例では、n1=8,n2=3)まとめ