运筹学方法模型在生物信息学系统生物学研究中的重要作用.ppt
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2345Girvan,M,Newman,M.,Proc.Natl.Acad.Sci,2002Ravasz,E,Somera,A,Mongru,D,Oltvai,Z,Barabasi,A.,Science,2002Radicchi,F,Castellano,C,Cecconi,F.,Proc.Natl.Acad.Sci,2004Guimera,R,Mossa,S,Turtschi,A.,Proc.Natl.Acad.Sci,2005Guimera,R,Amaral,L.,Nature,2005Newman,M.,Proc.Natl.Acad.Sci,2006Rosvall,M,Bergstrom,C.,Proc.Natl.Acad.Sci,2007Fortunato,S,Barthelemy,M.,Proc.Natl.Acad.Sci,2007Weinan,E,Li,T,Vanden-Eijnden,E.,Proc.Natl.Acad.Sci,2008Rosvall,M,Bergstrom,C.,Proc.Natl.Acad.Sci,2008PeterJ.Mucha,etal.,Science2010Yong-YeolAhn,JamesP.Bagrow&SuneLehmann,Nature,2010社团结构探索方法概述891011121314错分现象---Misidentification16所有对modularity进行研究的论文(指上面所列的的PNAS,Nature,Sience文章)都是试题论证的,即没有解析的证明.为了彻底分析resolutionlimit和Misidentification现象,我们对两类典型网络建立了优化模型,引入了离散凸分析技术,得到了两类问题的解析解.这两个例子出现在PNAS中几乎所有讨论网络模块探测的论文里Finding1对生物信息学与最优化方法Finding322AnewORmodel以上文字定义可以用一个整数线性规划来描述Aqualifiedmin-cut(QMC)algorithmExperimentresults(artificialnetworks)Experimentresults(realnetworks)致谢29