教會內部的難題壹、非主流派一、迦他利派（Cathari）又稱亞比根斯派（Albigenses，Albi是法國南部一地名）。1200年達於高峰。傳承自摩尼教，迦他利派持本體善惡二元論的思想，論為有善惡二神。信眾中分為全徒及一般信徒二級。二、瓦勒度派：中古世紀的福音派。1176瓦勒度（PeterWaldo）實行基督變賣所有的教訓，並開始公開講道。1179教宗亞歷山大三世拒絕他們公開講道的要求，但他們不理會教宗禁令，依然公開講道，因此在1183被革除教籍，1184年與迦他利派一同被正式定罪為異端。貳、教權的衰退1309-1439一、被擄到巴比倫（1309-77）自從英諾生三世達於教權之巔峰後，教宗的地位便一路滑落。至波尼法修八世時即無法令英法等國王從服。革利免五世（1305-）爲法國人，即位後很快地就落於法王的影響之下，於1309年遷教廷於鄰近法國南部的亞維農（Avignon）。除了1367-70這幾年，教廷都繼續滯留在此。後來因謝拿（Siena）的凱瑟琳（Catherine）這位神秘派者大力鼓吹，貴格利十一世（1329-78）才在1377年將教廷遷回羅馬。二、大分裂（1378-1417）貴格利十一世回到羅馬後，第二年就死了。樞機院選了烏耳班六世爲教宗。但他脾氣暴躁、態度傲慢，遭人唾棄。於是樞機院又在1378年選了另一位教宗革利免七世。他又把教廷移去亞維農，這樣就變成有兩位教宗出於同一個樞機院的選舉，這是前所未有的情形。造成了歐洲教會的大分裂。支援羅馬教宗的有北義大利、德國的大部份、斯堪地那維亞及英格蘭；而支援亞維農教宗的則有法國、西班牙、蘇格蘭及義大利南方。這一百多年來的擾嚷，使得教廷的聲望大大跌落，教會改革的呼聲漸漸興起。三、教宗稅起反感教宗「被擄」期間，英國就不樂意繳稅給教宗了，原因是英國與法國敵對，而教宗又受法國的掌控。等到有兩位教宗，兩個教廷，食指浩繁，稅征大增，更普遍引起民族國家強裂的反感。參、神秘派一、神秘派興起的原因（一）對強調理性的經院哲學的反動。（二）唯名論強調個人經驗作爲知識的來源。（三）抗議教會腐敗。（四）社會不安使人向內尋求平安：黑死病在1348-49年間使一些都市地區有三分之一喪生。二、傑出的神秘派者這時期的神秘派分爲兩組：拉丁的及條頓的。（一）拉丁神秘派A.較重感性，強調個人對基督的經歷。B.代表人物：(1)克勒窩的伯納：他著重在意志與感情上與基督的合一而不提在本性上與上帝合一。(2)謝拿的凱瑟琳：她堅信上帝在異象中向她說話，她勇敢地抵擋教會的罪惡，並奉上帝之名成功地勸說貴格利十一世從亞維農遷回羅馬。（二）條頓神秘派A.較重在本性上與上帝合一B.德國神秘派(1)艾卡特大師（MeisterEckhart,c.1260-1327）：是道明會的修士，被稱爲是德國神秘派的創始者。主張基督徒的目標是要在出神的經歷中與上帝達於本質的合一。死後被教宗因主張泛神論而定罪。(2)約翰陶樂（JohnTauler,c.1300-61）及HeinrichSuso（c.1295-1366）：他們都承襲艾卡特的思想，並且都參與道明會中上帝之友（FriendsofGod）的組織。C.荷蘭的現代虔誠（DevotioModerna）運動：又稱普通生活兄弟會（BrethrenoftheCommonLife）(1)是一平信徒神秘派運動。(2)較德國神秘派重實踐，以教育及實際的服事爲主，而不似艾卡特被動地等候與神合一的經歷。(3)沒有泛神論傾向。(4)最著名的人物及其著作是多馬坎培士（ThomasàKempis,1380-1471）和極可能是由他所寫的《效法基督（ImitationofChrist）》。內容不是只要人捨棄世界，而是要人以愛基督的心來謙卑服事。三、神秘派興起的後果基督教歷史中有四種不同的著重傾向。一是理性的神學，二是宗教的儀式，三是感性的經歷，四是實踐的行動。神秘派的發展是屬於感性經歷這方面的著重，可以平衡經院哲學之過於理性，以及教會生活之過於著重外在的教階系統及儀式。它的危險則在於用內在的權威取代聖經、泛神論思想及過度注視內向心境。