1．人骨的形态学研究人骨的形态学研究分为两大步：首先，进行目察，是将出土的人骨同已知各种系族类骨骼的整个结构进行比较，直接分类。内容包括：根据头骨的形状、根据牙齿（乳齿、恒齿的萌出时间）和骨骺的愈合时间、骨缝的愈合时间、耻骨联合面、以及人骨、牙齿的组织学断龄、从头骨区分人种。第二步，用生物统计的方法进行头骨测量，作定量的比较，可通过测量的数值（如长、宽度）用指数进行计算。最近引用现代统计学中的各种多元统计分析方法，取得了许多出乎意料的成果。2．分子生物技术分析和遗传因子（1）DNA的结构与特性DNA的化学结构图DNA的双螺旋结构图DNA与染色体关系图所谓古DNA，是指那些从动植物残骸（化石、亚化石、博物馆收藏的标本、考古学标本）中提取出的DNA分子。生物体死亡后，其原有的DNA分子结构就开始遭到化学、物理等损伤。基于古DNA的特性，在选择研究对象上最好是片段长度适合、高异位点、高拷贝的样品。古生物线粒体DNA就满足这样的要求。线粒体DNA（mtDNA)是双链的超螺旋环状分子，它可以进行半保留复制和环复制。线粒体的遗传体系主要有以下几个特点：1)线粒体DNA都有编码作用。2)线粒体除具有DNA外，还具有自己的蛋白质合成体系，3)线粒体基因组突变频率高，4)线粒体遗传方式主要是母系遗传，也可以通过精子进行父系遗传，但不同祖先的线粒体间存在排斥关系，在卵子中的线粒体通过编码特殊的酶将父系的外来线粒体分解。所以，对线粒体DNA的系统分析可直接反映出人群或种族的母系历史。除了线粒体DNA在考古中应用的较多外，原则上分析古生物体的Y染色体DNA(YchromosomeDNA)和常染色体DNA(AutosomeDNA)也可以进行相关研究。人类的Y染色体由两个功能不同的部分组成。一个功能区负责男性性别决定和生育能力，成为Y-特异区（Y-DNA）；另一个功能区是在男性减数分裂过程中参与同X染色体的配对、同源重组和分离，即拟常染色体区（PAR）。这两个区域有不同的遗传特性，X、Y染色体可以在拟常染色体发生同源重组，而Y-特异区则不发生重组，从而保证性别决定的染色体基因不被破坏。Y染色体主要分析其单倍型的分布，处于半合子状态，父系遗传，除拟常染色体区外的Y-DNA在减数分裂过程中不发生重组，因此不同群体或个体的Y-DNA序列多态性位点就是良好的遗传标志。原则上，通过分析特定的Y染色体单倍型分布，就能勾画出Y染色体进化树，追溯现代人类的父系祖先，是母系遗传的线粒体DNA研究的有效补充。但是，由于Y染色体是单基因拷贝，扩增困难大，在古DNA中应用并不多。常染色体DNA的方法是借助于突变数量的差异重建个体mtDNA系统。人类的细胞核内有22对常染色体和一对性染色体。常染色体反映了核DNA的多态性，据此可以推测人类的群体遗传和人类的演化。但是，由于目前理论和技术上的原因，常染色体DNA与揭示人类演化过程的距离很大。（2）古DNA的分析程序谱系树示意图尼安德特人谱系（3）古ＤＮＡ技术在考古中的应用在考古学中，古ＤＮＡ技术可望解决如下关键问题：一、结合现代人的mtDNA数据，研究人类起源、演化变异和迁移的历史过程；二、对同一古代遗址、墓葬内不同个体、群体的DNA分析可以获取群体内部信息，进而可以构建家庭谱系，判断社会性质等；三、利用古代动物的DNA来研究它们的起源、传播、驯化和在进化树上的位置，还可以揭示古人类生活所依赖的环境和动、植物驯化的历史年代以及人类最早从事农耕的证据。四、结合其它考古证据和科技手段，研究文化之间的动态交流；五、对考古遗存的残留物中古代DNA提取和分析可以提供器物用途和制作工艺等方面的信息；六、对生物排泄物的DNA分析可以推测古代先民的食谱、病理和环境等多方面的信息。目前，使用古DNA探讨最多的是关于现代人类的起源问题。多地区连续进化多源说和非洲单一起源说两种观点。3．牙齿人类学研究（2）牙齿的磨耗分析4．骨骼病理的分析（1）骨骼创伤的分析（2）疾病骨骼病理分析本章小结