第18卷第4期上海海洋大学学报Vol.18,No.42009年7月JOURNALOFSHANGHAIOCEANUNIVERSITYJuly,2009文章编号:1674-5566(2009)04-0403-06奥利亚罗非鱼DMRT1基因推导蛋白的结构和功能预测112曹谨玲,陈剑杰,吴婷婷(1.山西农业大学动物科技学院山西省生态畜牧与环境兽医重点实验室,山西太谷030801;2.中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业部水生动物遗传育种和养殖生物学重点开放实验室,江苏无锡214081)摘要:利用生物信息学的方法对DMRT1基因推导的氨基酸序列进行结构特征和功能域预测分析,探讨了DMRT1的信号肽、亲/疏水性、跨膜拓扑结构、卷曲螺旋结构、基序、功能域及高级结构。结果表明:DMRT1基因推导蛋白不含螺旋卷曲区域,没有信号肽,是一个非跨膜的亲水性稳定蛋白,该蛋白以游离形式存在于细胞质内,不会发生跨膜运动。DMRT1基因推导蛋白包含两个相同的保守的功能结构域,分别行使性别调控,使DNA形成二聚体和结合回纹结构的功能。DMRT1基因推导蛋白含有多个磷酸化位点,推测它可能在细胞信号传导中发挥作用,且其生物活性可能接受信号途径中多种信号的调控。DMRT1的高级结构中含有两个α-螺旋区域。以上结论为实验室研究奥利亚罗非鱼DMRT1基因编码蛋白的功能,为明确DMRT1基因与性别调控的关系奠定了基础。关键词:DMRT1;生物信息学;蛋白质结构;蛋白质功能;性别调控中图分类号:S917文献标识码:AStructuralandfunctionalpredictionofDMRT1deducedproteininOreochromisaureusCAOJin2ling1,CHENJian2jie1,WUTing2ting2(1.KeyLabofEcologicalAnimalHusbandryandEnvironmentalVeterinaryMedicineofShanxiProvince,ShanxiAgriculturalUniversity,Taigu030801,China;2.KeyOpenLaboratoryforGeneticBreedingofAquaticAnimalsandAquacultureBiology,MinistryofAgriculture,FreshwaterFisheryResearchCenter,ChineseAcademyofFisherySciences,Wuxi214081,China)Abstract:DMRT1genewasanalyzedbybioinformaticsmethodsonaminoacidlevel,andthestructuralcharacteristicsandfunctiondomainsofitsencodedproteinwereanalyzedandpredictedinOreochromisaureus.Meantime,thesignalpeptide,hydrophilicity,hydrophobicity,transmembranetopologicalstructure,windedhelicalstructure,motif,functionaldomainsandadvancedstructureofDMRT1werealsodiscussed.TheresultsshowedthatDMRT1hadnohelicalsegmentanddidnotcontainsignalpeptide;Itwasanon2transmembraneandhydrophilicprotein.DMRT1includedtwosamefunctionaldomains,whichplayedtherolesofsexcontrol,dimerisingandbindingpalindromicDNA,respectively.DMRT1includedseveral收稿日期:2008209209基金项目:国家“八六三”高科技研究发展计划(2001AA243061);国家自然科学基金(30371116);无锡市自然科学基因(CK030001)作者简介:曹谨玲(1979-),女,山西太谷人,讲师,博士,主要从事水生动物遗传育种与繁殖方面的研究。Tel:15935664795,E2mail:caojinling7928@163.com404上海海洋大学学报18卷phosphorylationsitesimplicatingthattheycouldplaysomerolesduri