基因预测分析程序?基因分析程序是一个综合性程序，对一段DNA序列进行综合分析预测，找出可能的编码区确定外显子、内含子位置，翻译出可能的编码蛋白。GENSCANGenebuildergenscan?GENSCAN是美国麻省理工学院ChrisBurge于1997年开发成功的人类（或脊椎动物）基因预测软件，它根据基因的整体结构进行基因预测，不依赖于已有的蛋白库，是一种“从头预测”软件。目前ChrisBurge还开发了适用于果蝇、拟南芥菜、玉米的专用版本。对于非版本专用的物种，其预测准确率会下降。?根据作者ChrisBurge本人的数据，对特定核苷酸预测的校正准确率为91%，对外显子的平均准确率为80%。结果重新选择条件预测软件的评定标准?敏感性（sensitive)?特异性（specifity）M条基因序列，其余为非基因序列，预测测出N条序列，其中H条确实是基因，那么敏感性为H/M，特异性为H/NGENSCANAccuracySn=TP/APSp=TP/PPTP：预测中外显子中预测对的FP：预测错的外显子AP：实际外显子PP：预测出来的所有外显子PP：预测出的exonSensitivity:Sn=TP/APSpecuficity:Sp=TP/PPME：丢失的exonWE：错误的exon1、exon有时会因为一些原因丢失，一些潜在的exon可与realexon符合。2、在一段序列中，如果大量Suboptimalexon存在，提示这段可能存在交替剪切。3、Probabilitycutoff的选择1.0：没有给出Suboptimalexon0.1：建议使用P>0.99:总是excatlycorrect,可设计PCR引物0.5<0.99：大多数是excatlycorrect0.1<0.5：不可信，忽略一些exonGENESCAN遮蔽重复序列是在预测之后对比后进行的。GENESCAN，不遮蔽一些简单重复序列，如ATATATATATATA…，CAGCAGCAGCAGCAG…GENE数：近似正确，也会出现二者和一和一分为二的。物种：主要适合人类和脊椎动物。C.elegans不是很稳定。真核及酵母建议用Climmer和GeneMark预测。训练集：短exon和intron的相对简单的效果很好。所以对典型的DNA序列预测准确exon类型：中间较准，两段较差。启动子：建议NNPP。植物剪接信号：建议用SPLICEPREDICTIONWEBGENEGenebuilderhttp://l25.itba.mi.cnr.it/~webgene/genebuilder.html登陆CLUSTALW?http://www.ebi.ac.uk/clustalw/?将上述软件进行预测的结果进行比，看看有什么差别?将预测的结果和GENEBANK的序列进行比较，观察差别NCBIMAMQKIFAREILDSRGNPTVEVDLHTAKGRFRAAVPSGASTGIYEALELRDGDKGRYLGKGVLKAVENINNTLGPALLQKKLSVVDQEKVDKFMIELDGTENKSKFGANAILGVSLAVCKAGAAEKGVPLYRHIADLAGNPDLILPVPAFNVINGGSHAGNKLAMQEFMILPVGASSFKEAMRIGAEVYHHLKGVIKAKYGKDATNVGDEGGFAPNILENNEALELLKTAIQAAGYPDKVVIGMDVAASEFYRNGKYDLDFKSPDDPARHITGEKLGELYKSFIKNYPVVSIEDPFDQDDWATWTSFLSGVNIQIVGDDLTVTNPKRIAQAVEKKACNCLLLKVNQIGSVTESIQACKLAQSNGWGVMVSHRSGETEDTFIADLVVGLCTGQAATKLSVVDQEKVDKFMIELDGTENKSKFGANAILGVSLAVCKAGAAEKGVPLYRHIADLAGNPDLILPVPAFNVINGGSHAGNKLAMQEFMILPVGASSFKEAMRIGAEVYHHLKGVIKAKYGKDATNVGDEGGFAPNILENNEALELLKTAIQAAGYPDKVVIGMDVAASEFYRNGKYDLDFKSPDDPARHITGEKLGELYKSFIKNYPVVSIEDPFDQDDWATWTSFLSGVNIQIVGDDLTVTNPKRIAQAVEKKACNCLLLKVNQIGSVTESIQACKLAQSNGWGVMVSHRSGETEDTFIADLVVGLCTGQIKTGAPCRSERLAKYNQLMRIEEALGDKAIFAGRKFRNPKAKSGESSSPGG