蛋白质的变性作用：当天然蛋白质受到某些物理因素或化学因素的影响后，由氢键、盐键等次级键维系的高级结构遭到破坏，分子内部结构发生改变，致使其生物学性质、理化性质改变，但原有的一级结构仍保持不变的现象。变性后蛋白质的特征：处于伸展状态，溶解度降低，易酶解，分子的不对称性增加变性的本质：破坏非共价键和二硫键，不改变蛋白质的一级结构。造成变性的因素：如加热、乙醇等有机溶剂、强酸、强碱、重金属离子及生物碱试剂聚丙烯酰胺凝胶是由单体丙烯酰胺和交联剂N,N-甲叉双丙烯酰胺在加速剂N，N，N，N—四甲基乙二胺(简称TEMED)和催化剂过硫酸铵(简称AP)或核黄素的作用下聚合交联成三维网状结构的凝胶，以此凝胶为支持物的电泳称为聚丙烯酰胺凝胶电泳，简称PAGE。在pH3左右,AA与阳离子交换树脂的结合牢固程度：碱性AA>中性AA>酸性AA。洗脱顺序则是：酸性AA>中性AA>碱性AA一级结构：指蛋白质多肽连中AA的排列顺序，包括二硫键的位置。肽键（主要）二硫键二级结构：多肽链主链借助氢键排列成有特有的规则的重复构象，但不考虑侧链的构象和整个肽链的空间排列。氢键主要形式：-螺旋、-折叠、-转角、无规卷曲-螺旋的结构要点：1）多为右手螺旋，侧链R基位于螺旋的外侧；2）螺旋参数：每圈含3.6个氨基酸残基，螺距0.54nm，每个氨基酸残基占0.15nm，绕轴旋转100°；3）肽链内形成氢键：每个氨基酸残基的羰基（C=O）和其后第四个氨基酸残基的氨基（NH）形成氢键。氢键与螺旋长轴基本平行。是维持α-螺旋的主要作用力；结构域：多肽链在二级结构超二级结构的基础上，以特定的方式组织连接，进一步盘旋折叠，在蛋白质分子中形成两个或多个在空间上可以明显区分的三级折叠实体。结构域存在的原因：1、局域分别折叠比整条肽链折叠在动力学上更为合理2、结构域之间由肽链连接，有利于结构的调整三级结构：多肽链在一级、二级结构基础上，再进行三维多向性盘曲形成近似球状的构象。疏水键、离子键、范德华力、氢键四级结构：由两条或两条以上的具有三维结构的多肽链相互缔合而成的特定的空间构象。疏水键（主要）、离子键、氢键四级结构的表现出形式：亚基：球状蛋白质分子中具有一、二、三级结构的多肽链。寡聚蛋白质：由两个及以上亚基构成的蛋白质。4、球状蛋白质三级结构主要特征：1、含多个二级结构单元2、紧密的球状或椭球状实体3、疏水基团在内；亲水基团在外4、分子表面内陷形成凹穴5、蛋白质结构与功能的关系：血红蛋白可运输氧和二氧化碳，与氢离子结合，维持ph。O2及CO与肌红蛋白血红素Fe的结合：结合咪唑和CO的游离血红素——九十度；氧合肌红蛋白——120度6、胰蛋白酶：R1=Lys和Arg侧链（专一性较强，水解速度快）。——羧基端R2=Pro水解受抑。马来酸酐可保护赖侧链上氨基，12，-环己二酮修饰胍基，从而使相应氨基酸羧基端不被作用。糜蛋白酶：R1=Phe,Tyr,Trp时水解快;R2=Pro水解受抑。断裂点邻近的基团在碱性的，裂解能力强；是酸性的，裂解能力弱。最适pH89。——羧基端7、化学法可获得较大的肽段①溴化氰水解法:它能选择性地切割由甲硫氨酸的羧基所形成的肽键，生成末端为高丝氨酸内酯的肽和带新的N末端残基的肽。2、Edman（苯异硫氰酸酯法），此法的特点是能够不断重复循环，将肽链N-端氨基酸残基逐一进行解离。包括：偶联、水解、萃取、转换四个过程。氨基酸顺序分析法实际上应用的就是这种N-端分析法。60-100AA3、Sanger法。2,4-二硝基氟苯在碱性条件下，能够与肽链N-端的游离氨基作用，生成二硝基苯衍生物（DNP-肽）。在酸性条件下水解，得到黄色DNP-氨基酸。该产物能够用乙醚抽提出来，结合纸层析、聚酰胺薄层层析,以标准的DNP-氨基酸作为对照,鉴定出此氨基酸。8、C末端测定法——肼解法蛋白质与无水肼在加热的条件下，C-端氨基酸即从肽链上解离出来，其余的氨基酸则变成肼化物。肼化物能够与苯甲醛缩合成不溶于水的物质而与C-端氨基酸分离。留在水溶液中的C-端氨基酸可用DNS-Cl法进行检测。9、蛋白质侧链的修饰主要是通过选择性的试剂或亲和标记试剂与蛋白质分子侧链上特定的功能基团发生化学反应而实现的。其重要作用是用于探测活性部位的结构。仅具极性的侧链基团才能够进行化学修饰，这些基团的反应性取决于其亲核性。10、7种氨基酸出现的频率最高：LysAspGluCysHisTyrSer赖氨酸的氨基、天冬氨酸和谷氨酸的羧基、半胱氨酸的巯基、组氨酸的咪唑基、酪氨酸和丝氨酸的羟基，是酶的必需基团。11、蛋白质设计的目的：一是为蛋白质工程提供指导性信息；二是探索蛋白质的折叠机理。