基因芯片技术第9章基因芯片与系统生物学第一节系统生物学与基因芯片系统生物学四个方面系统生物学两个关键技术基础图：有丝分裂细胞周期图心脏病细胞的钙调途径Genmapp对数据整理的形象描述...转录调控网络调控元件分析基因芯片技术预测调控元件常用的策略工具GeneOntology数据库中基因功能分类的分析GeneOntology数据库中基因功能分类的分析在每一个分类中，都提供一个描述相关信息的分级结构。http://www.geneontology.org/使用AmiGO浏览GO的例子Pathway分析－KEGG数据库KEGG结果BioCartaBioCarta结果基因芯片实验与功能分析(GOpathwayanalysis)基因芯片实验与功能分析(GOpathwayanalysis)基因芯片实验与功能分析(GOpathwayanalysis).http://david.abcc.ncifcrf.gov/home.jspGeneMAPPGeneMAPP顺向技术和反向技术基因网络研究的源起和发展.基因调控网络研究的目的和内容芯片数据识别和推断网络芯片数据识别和推断网络权重矩阵网络线性结构方程组布尔网络布尔网络常微分方程常微分方程偏微分方程偏微分方程贝叶斯网络贝叶斯网络模型贝叶斯网络模型构造大规模的网络酵母转录网络构造大规模的网络困难和不足构造大规模的网络困难和不足第二节基因芯片数据的MIAME规则芯片数据难以共享MGEDMIAME规则MIAME规则MIAMI主要内容MIAMI主要内容第三节芯片实验设计原则和方法芯片实验设计芯片实验设计中存在的问题基因芯片实验目的类型比较类型比较时样本的选择类型比较类型比较类型比较类型发现样本配对方案共同参照方案参照样品的选用共同参照方案直接比较方案直接比较方案染料互换环状设计及更复杂的网状设计样本配对模式的选择时间序列实验多因子实验探针的设计控制系统的设计样品重复样品重复样品重复技术上重复降低技术上差异生物重复生物重复生物重复需要多少次重复？需要多少次重复？需要多少次重复？需要多少次重复？选什么芯片好？MAQC:TheMicroArrayQualityControlProject(芯片质控联盟)MAQCConsortium,NatureBiotechnology,Vol.24,2006选什么芯片好？Conclusion选什么芯片好？Conclusion本章小结：思考题：TheEndThankyou