研究背景口腔环境是动态变化的口腔中的平均.ppt
上传人:天马****23 上传时间:2024-09-11 格式:PPT 页数:18 大小:108KB 金币:10 举报 版权申诉
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一、研究背景(一)口腔环境是动态变化的。口腔中的平均温度为37℃,但局部地区的温度并不完全相同,在黏膜表面和人工修复的牙冠上,过冷或过热的饮食就可使局部温度呈现较大幅度的变化。如在吃冰淇淋时,与冰淇淋接触的表明呈-5摄氏度,而和热饮料、吃火锅时,与其接触的表面温度可迅速上升至55摄氏度左右。几秒内表面温度差几乎为60摄氏度。事实证明口腔菌丛,尤其是黏膜表面和龈上菌斑中的细菌在短时间内能够经受得住如此大幅度的温度变化。(二)、变形链球菌是公认的主要致龋菌,变形链球菌UA159全基因组测序已在2002年完成。全基因组测序的完成使得变形链球菌全基因组芯片成为可能。(三)、细菌的生长增殖受其生存环境的影响,在不同的环境中细菌的代谢会产生变化,表现为细菌所表达的蛋白质的质和量发生变化。目前,蛋白质组学是研究细胞表达蛋白质组变化的最有效的技术平台,其中双向电泳及电泳图谱分析是最常用的基本研究手段,运用质谱分析和同位素标记等技术则可对感兴趣的蛋白质进行深入细致的研究。二、研究内容三、研究相关资料(一)Suzuki等采用转录组学和蛋白质组学方法,对一株蓝细菌(Synechocystissp.PCC6803)的热休克反应进行了系统研究。当培养温度转化为44℃后20min,使用DNA芯片检测的结果表明,一些分子伴侣及蛋白酶的编码基因(例如groESL1、groEL2、htpG、hspA)开始被诱导转录;60min后,用双向电泳检测,发现这些分子伴侣及蛋白酶的表达水平也有升高,与芯片结果相吻合。TheheatshockresponseofSynechocystissp.PCC6803analysedbytranscriptomicsandproteomics.(二)对普通脱硫弧菌(Desulfovibriovulgaris)热休克反应的研究中,应用双向凝胶电泳方法发现DnaK、HtpG、HtrA、AhpC等热休克蛋白表达水平的变化与芯片结果一致。GlobalanalysisofheatshockresponseinDesulfovibriovulgarisHildenborough.(三)有学者用双向电泳观察了变链在多种环境应激下的蛋白质表达,发现变链在受到氧化、酸、饥饿、高渗透压和热应激后,有30-89种蛋白质表达水平改变,有些蛋白表达水平在各应激反应中均改变,称为普遍性应激蛋白,其他的则在一个或某几个条件下的应激反应中变化,称为特异性应激蛋白。Chia等用差异显示RT-PCR检测变链在环境应激下的基因表达水平,发现类似的基因表达变化。四、研究方案(一)变形链球菌UA159不同生长阶段和不同条件下耐热性的差异对不同时期不同PH条件下的菌株进行热应激,筛选热应激性能优良的菌株。(二)选取耐热性强菌株进行热适应条件和致死评价条件摸索1、在不同温度下水浴锅中处理细菌30min,分别活菌计数,确定热适应和致死评价温度范围2、按照1中所确定的温度,将菌液在该温度下热适应处理30min,对照置于37摄氏度培养30min3、计算对照管和测试管菌体的存活率,通过比较两者的存活率来选择最佳的热适应温度存活率=评价前活菌数/评价后活菌数*100%耐热性提高倍数=热适应组存活率/对照组存活率(三)DNA微阵列分析目的:利用基因芯片技术筛选热应激后变形链球菌中差异表达的基因。方法:构建变形链球菌基因表达谱检测芯片,利用基因芯片技术筛选不同温度下变形链球菌差异表达的基因,以观察温度对变形链球菌基因表达的影响。1、芯片制备2、细菌总RNA提取及纯化采用TRIzol试剂盒分别提取两组标本中的总RNA使用QIAGENRaeasyKit分别纯化总RNA将两组标本中的总RNA等量完全溶解于Mili-Q水中,-80℃冻存待用3、探针标记cRNA标记与合成运用逆转录法荧光标记提取的样本RNA,各组均用Cy3单标标记。4、芯片杂交和洗涤cRNA样品片段化及芯片杂交5、数据分析芯片杂交结果采用AgilentG2565AA荧光扫描仪进行扫描,FeatureExtraction软件读取,扫描仪分辨率为5m,光电欧联管分别设置为100%和10%各扫描1次,2次扫描结果Agilent软件自动合并,合并结果采用FeatureExtraction进行均一化处理。本次实验的均一化系数为0.853,2张芯片的平均信号强度与平均背景的比值均大于3,符合Agilent表达谱芯片的成功标准。筛选差异表达基因的标准为:Ration≥5.7(Log2Ration≥2.5)和Ration≤一5.7(Log2Ration≤一2.5)。6、生物信息学分析利用Agilent公司提供的Cluster3.0软件对金黄地鼠正常颊黏膜及癌前病变的差异表达基因行聚类分析;