上海交通大学医学院分子生物学课程（优选）上海交通大学医学院分子生物学课程2.HGP发展过程：（2）提议（2）提议1987年人类基因组创意报告（能源部）1988年人类基因组的作图与测序报告（科学院），同年底国会通过1990年开始实施，预计15年完成，拨款30亿美元.J.Watson担任“国家人类基因组计划研究中心”首任主任1997年：大肠杆菌基因组（5Mb）全部测序完成，毛细管测序仪上市1998年：CraigVenter宣布成立Celera公司，并宣称将采用“全基因组鸟枪法”完成人类基因组的全部测序。从此，人类基因组测序在“公、私”之间展开了激烈竞争线虫基因组测序完成。1999年：中国获准参加HGP，承担测定人类基因组1%测序任务；英国和共同完成了第一条人染色体—第22条染色体的全部测序工作。（3）发展2000年6月公共领域测序计划工作框架图2000年Celera公司完成了果蝇基因组(180Ｍｂ)的全部测序工作，证明了“全基因组鸟枪法”的可行性；德国和的科学家公布了人类第21条染色体的测序结果；第一个植物基因组—拟南芥基因组（125Mb）被全部测序。2001年2月：HGP将人类基因组工作框架图发表在《Nature》;Celera公司则将其成果发表在《Science》上。“工作框架图”已能覆盖人类基因组的97%，其中至少92%的序列已组装得准确无误，并显示其中只有3万到3.5万个编码蛋白质的基因，这是人类基因组研究的一个重要里程碑。（3）发展2006年5月18日人类最后一个染色体－1号染色体基因测序完成，发表在Nature上。至此“生命之书”覆盖基因组99.99%。国际人类基因组测序任务分配情况遗传图谱（1）遗传图（geneticmap,又称连锁图）第一代多态性标记:RFLP（restrictionfragmentlengthpolymorphism，限制性片段长度多态性）第二代多态性标记微卫星标记（microsatellitemarker，MS),简短串联重复序列（shorttandemrepeat，STR）,短序列长度多态性（shortsequencelengthpolymorphism,SSLP)重复单元2-6bp，多态性主要来自重复序列拷贝数的变化优点：高度多态性，信息量大，符合孟德尔遗传规律可采PCR使操作自动化第三代多态性标记：单核苷酸的多态性（singlenucleotidepolymorphism，SNP）定位基因的重要手段，大致了解各个基因或DNA片断之间的相对距离与方向(2)物理图（physicalmap)标记：序列标记位点(sequence－taggedsite，STS)。指基因组中任何单拷贝的长度在100～500bp之间的DNA序列，与核酸内切酶识别序列相关联。在基因组中有明确位置。图距：Mb或Kb主要内容：建立含有STS对应序列的相互重叠连接的DNA片段重叠群（Contig）只要有一定数量的STS标签，所有DNA大片段在该染色体或基因组中的位置都能被确定。(3)序列图(4)转录图(基因图谱）意义1990年，提出了HGP的大规模cDNA测序研究战略并建立了EST技术。至1998年，公共数据库中EST序列已达一百多万条，加上各公司已测但未公布的数据，估计现有的EST已包含了绝大多数的人类基因序列。（1）实验室测序（2）大规模测序与实验室测序的不同（3）大规模测序基本策略1）基于BAC的方法细菌人工染色体（BAC)2）Shotgun测序Shotgun测序DNA全自动分析仪：DNA的鸟枪法测序的优缺点：拼接错误：Repeat的存在拼接软件的新需求1）基因组多样性的研究环境基因计划(Enviromentalgenomeproject,EGP)研究对环境发生反应的基因中多态性对其功能的影响以及在流行病学中研究基因与环境的相互作用。先把基因组打碎成200－300kb的片段并制成BAC文库，再对连续克隆系中排定的BAC克隆逐个进一步打碎成小片段，进行亚克隆测序并进行组装（公共领域测序计划）缺点：数量较少，信息量有限斥资几百亿美元，动员全国的力量(Enviromentalgenomeproject,EGP)上海交通大学医学院分子生物学课程追求稳定、高效、低成本上海交通大学医学院分子生物学课程2）基因组的表达调控和蛋白质组学的研究（haplotypemap,HapMap)ModelOrganismsUsedinGenomics高效率比对安玛西亚DNA序列分析系统型号：MegaBACE500/1000/4000几乎所有同细胞增殖有关的基因，都与肿瘤有关指基因组中任何单拷贝的长度在100～500bp之间的DNA序列，