一、基本概念①细菌的生理生化分类法，包括有传统分类法和数值分类法；②细菌核酸、蛋白质结构的同源程度进行分类法，称种系分类或自然分类。2．细菌命名在分类基础上，给每种细菌一个科学名称，便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名称。3．细菌鉴定将未知细菌按分类原则,确定细菌的分类地位。二、分类等级2.种是细菌分类的基本单位，将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种；性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属；相近的属归为一科；依次类推。在两个等级之间，可添加次要的分类单位，如亚门、亚纲、亚属和亚种等。群和组不是正式分类等级，具有某种共同特性的某个集体，任何等级都可借用。3.同一菌种在某些方面仍有差异，可再分成亚种，亚种以下的分类等级为型，以区别某些特殊的特征。例如抗原结构不同而分的血清型；对噬菌体敏感性不同的噬菌体型；对细菌素敏感性不同的细菌素型，生化反应和某些生物学性状不同的生物型。4.由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌，称为株。株是从一次单独分离物的单个原始菌落传代的纯培养物，例如从10个肺结核患者的痰液中分离出的10株结核分枝杆菌。具有某种细菌典型特征的菌株称为模式菌或标准菌株，它是该种菌株的参比菌株。在细菌的分类、鉴定和命名时以模式菌为依据，也可作为质量控制的标准。三、细菌命名法例如Salmonellatyphi(沙寒沙门菌)。属名也可用第一个字母代表，如Styphi等。有时泛指某一属细菌而不特指其中的某个细菌则可在属名之后加上sp，如Salmonellasp，即表示沙门菌属细菌(sp代表菌种species，复数用spp)；如果使用1个亚种的名称，则在种名后再加亚种名如Klesbsiellapenumomaesubspeciespneumomae。第二节细菌的分类方法1．传统分类法19世纪以来，以形态生理特征为依据选择稳定的生物学性状，如形态结构、染色性、培养特性、生化反应、抗原性作为分类依据，然后按主次顺序逐级区分。使用方便，分类亦明确，但有主观性。2．数值分类法20世纪60年代，随计算机的应用而发展的分类方法。它对各种生物学性状按“等重要原则”进行分类，选用50项以上的生理生化指标进行比较，分析相似度，划分属和种，并确定亲缘关系。二、遗传学分类法①对细菌的“种”有较为一致的概念；②使分类不会出现根本性的变化；③可制定可靠的细菌鉴定方案；④有利于了解进化和亲缘关系。基因型分类法有如下几种:2．核酸同源值测定结合率大小反映DNA碱基序列相似程度和菌种间的亲缘关系。同一菌的结合率为100％，80％—90％的同源为同种内、同亚种的细菌，60％-70％的同源性为同种内不同亚种的细菌，20％-60％则认为是同属中的不同菌种。3．核蛋白体RNA碱基序列测定第三节细菌的分类糸统Ⅰ类，G—有细胞壁的真细菌Ⅱ类，G+有细胞壁的细菌